生物信息-软件安装-Toy模板网

这篇具有很好参考价值的文章主要介绍了生物信息-软件安装。希望对大家有所帮助。如果存在错误或未考虑完全的地方，请大家不吝赐教，您也可以点击"举报违法"按钮提交疑问。

软件安装——conda 下载

从终端进wsl:

wsl

WSL2下安装conda
1.wget: unable to resolve host address解决方法

vim /etc/resolv.conf
nameserver 8.8.8.8 #google域名服务器
nameserver 8.8.4.4 #google域名服务器

2.Windows中WSL2（子系统）设置默认root用户登入修改conf文件出现报错：

E212: Can't open file for writing Press ENTER or type command to continue

原因：

1.当前用户的权限不足

2.此文件可能正被其他程序或用户使用。
一般错误原因都是前者，解决方案是在使用vi命令打开文件时，前面加上sudo来临时提供管理员权限，比如使用命令“sudo vi hosts”打开编辑文件。
或者直接设置root登录
执行命令：

ubuntu2204.exe config --default-user root

值得一提的是，退出root用户命令为：

ubuntu2204.exe config --default-user 用户名

之后重启WSL2
3.使用wget命令下载miniconda.sh
https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py38_23.1.0-1-Linux-x86_64.sh

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py38_23.1.0-1-Linux-x86_64.sh

之后我们使用bash命令来运行安装包，并将conda添加到环境变量

vi .bashrc
在.bashrc文件中添加 export PATH=/home/wuhouo/miniconda3/bin:$PATH

如果在安装的时候选择了Init操作，则不需要上面的命令

软件安装——配置channels

1.编写.condarc文件

channels:
 - bioconda
 - conda-forge
 - r
 - defaults

2.搜索fastqc

conda search fastqc

3.安装

conda install fastqc

软件安装：安装blast,hisat2,trinity

软件安装——R Rstudio

来自CRAN：BiocManager,devtools,tidyverse,gridExtra,pheatmap,ggpubr,ggplot2,ggsci

options(repos=" ")#换镜像channels
install.packages("tidyverse")

来自bioconductor：DESeq2,edgeR,GEOquery,ClusterProfiler,limma,org.Hs.eg.db,PCAtools,EnhancedVolcano

options(BioC_mirror=" ")
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("limma")

来自github
1.使用devtools：

 if (!requireNamespace('devtools', quietly = TRUE))
        install.packages('devtools')

    devtools::install_github('kevinblighe/PCAtools')

2.自行打包安装文章来源地址https://www.toymoban.com/news/detail-438064.html

install.packages("pkgbuild")
pkgbuild::build("需要打包的文件路径" "打包后存入的文件路径")#获得的文件是.tar.gz文件
install.packages("打包后存入的文件路径",repos=NULL)

升级R包

remove.packages("")
library("rvcheck")
uodate_all()

生信linux基础

目录操作

ls
ll = ls -l
cd

文件查看

less #查看文件（可翻页）
cat #一次性查看所有文件

j - 向下移动
k - 向上移动
q - 退出 less 
- -chop-long-lines或 - -ch  - 开启水平滚动
/ - 搜索
&something - 只显示文件中包含某些内容的行  #为了移除过滤器，只需键入 &<ENTER> 

常用less -s:显示连续几行空行为一行