linux下安装conda并使用

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linux下安装conda并使用

linux下安装conda并使用

conda是生物信息分析必备的环境,集成了很多优秀的软件,关键是解决了依赖包的问题,很好用。记录一下我安装conda的心得。
conda有miniconda和anaconda,我推荐还是使用miniconda吧,自己去安装一些东西,可能好使用一些。。

conda安装

1、下载
https://repo.anaconda.com/archive/这里有不同版本的conda
2、安装

  1. 执行脚本
bash Miniconda3-py39_4.10.3-Linux-x86_64.sh
  1. 按提示安装
  2. 为了让安装立即生效,需要执行 .bashrc 脚本,这样会立即进入到 conda 的 base 环境下
source ~/.bashrc
  1. 添加官方源和国内源,这几乎是提速 conda 的唯一方式了
# 添加官方源
conda config --add channels r # R软件包
conda config --add channels conda-forge # Conda社区维护的不在默认通道中的软件
conda config --add channels bioconda # 生物信息学类工具

# 添加国内源头 (选其一添加即可)
# 添加中科大源
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

# 添加清华大学源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

  1. 查看 conda 源是否配置成功,可以看出各 channel 的优先级(从上到下优先级依次增加)
conda config --get channels

linux下安装conda并使用
至此安装完成!

使用

常用命令

conda -V,看看是否安装了,以及conda的当前版本。
conda env list或conda info -e确认当前存在什么虚拟环境。
进入文件的bin目录下

# 激活环境
source activate
# 退出环境
source deactivate

添加环境变量

1、打开文件 bashrc:

vim ~/.bashrc

2、在弹出的文件末尾加上anaconda的路径:

export PATH=~/home/anaconda3/bin:$PATH

打开文件后按i进入编辑模式,按Esc退出编辑模式,shift+冒号然后输入wq 保存文件并退出
注意:这里是anaconda的安装路径,根据自己的安装路径即可
3、激活环境变量

source ~/.bashrc

执行以上三步后,便可在linux上使用conda命令了!文章来源地址https://www.toymoban.com/news/detail-480694.html

到了这里,关于linux下安装conda并使用的文章就介绍完了。如果您还想了解更多内容,请在右上角搜索TOY模板网以前的文章或继续浏览下面的相关文章,希望大家以后多多支持TOY模板网!

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