linux下安装conda并使用
linux下安装conda并使用
conda是生物信息分析必备的环境,集成了很多优秀的软件,关键是解决了依赖包的问题,很好用。记录一下我安装conda的心得。
conda有miniconda和anaconda,我推荐还是使用miniconda吧,自己去安装一些东西,可能好使用一些。。
conda安装
1、下载
https://repo.anaconda.com/archive/这里有不同版本的conda
2、安装
- 执行脚本
bash Miniconda3-py39_4.10.3-Linux-x86_64.sh
- 按提示安装
- 为了让安装立即生效,需要执行 .bashrc 脚本,这样会立即进入到 conda 的 base 环境下
source ~/.bashrc
- 添加官方源和国内源,这几乎是提速 conda 的唯一方式了
# 添加官方源
conda config --add channels r # R软件包
conda config --add channels conda-forge # Conda社区维护的不在默认通道中的软件
conda config --add channels bioconda # 生物信息学类工具
# 添加国内源头 (选其一添加即可)
# 添加中科大源
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
# 添加清华大学源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
- 查看 conda 源是否配置成功,可以看出各 channel 的优先级(从上到下优先级依次增加)
conda config --get channels
至此安装完成!
使用
常用命令
conda -V,看看是否安装了,以及conda的当前版本。
conda env list或conda info -e确认当前存在什么虚拟环境。
进入文件的bin目录下
# 激活环境
source activate
# 退出环境
source deactivate
添加环境变量
1、打开文件 bashrc:
vim ~/.bashrc
2、在弹出的文件末尾加上anaconda的路径:
export PATH=~/home/anaconda3/bin:$PATH
打开文件后按i进入编辑模式,按Esc退出编辑模式,shift+冒号然后输入wq 保存文件并退出
注意:这里是anaconda的安装路径,根据自己的安装路径即可
3、激活环境变量文章来源:https://www.toymoban.com/news/detail-480694.html
source ~/.bashrc
执行以上三步后,便可在linux上使用conda命令了!文章来源地址https://www.toymoban.com/news/detail-480694.html
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