Sentieon安装时 jemalloc error 解决办法-Toy模板网

这篇具有很好参考价值的文章主要介绍了Sentieon安装时 jemalloc error 解决办法。希望对大家有所帮助。如果存在错误或未考虑完全的地方，请大家不吝赐教，您也可以点击"举报违法"按钮提交疑问。

背景

Sentieon建议使用jemalloc来改善Sentieon应用程序中的内存管理和整体性能，尤其是Sentieon bwa-mem。有时在安装运行过程中会出现报错：
ERROR: ld.so: object '/usr/lib64/libjemalloc.so.2' from LD_PRELOAD cannot be preloaded: ignored. Failed to contact the license server at 10.10.10.1:8990
Jemalloc 是一个内存分配器，针对多线程方案中的高内存分配性能和更少的内存碎片进行了优化。可通过以下办法，修复这个ERROR。有关 jemalloc的更多信息，请参考 https://github.com/jemalloc/jemalloc

安装步骤

Sentieon建议安装一个预构建包，用户可能需要root 访问权限才能完成安装。

RHEL/CentOS 8.x
yum install epel-release
yum install jemalloc
默认情况下，安装在
/usr/lib64/libjemalloc.so.2
RHEL/CentOS 7.x
yum install epel-release
yum install jemalloc
默认情况下，安装在
/usr/lib64/libjemalloc.so.1
Ubuntu 20.04
apt update
apt install libjemalloc2
默认情况下，安装在
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.2
Ubuntu 18.04
apt update
apt install libjemalloc1
默认情况下，安装在
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.1
没有预构建软件包的其他系统，请参考jemalloc GitHub页面，https://github.com/jemalloc/jemalloc以获取有关如何构建和安装 jemalloc 的更多信息。

在Sentieon流程中加载jemalloc

可以使用环境变量在运行时加载jemalloc库到Sentieon中。

例如，在CentOS 8.x 系统上，在运行Sentieon 工具之前，您可以使用以下代码设置环境变量：
export LD_PRELOAD=/usr/lib64/libjemalloc.so.2
Sentieon基因数据分析加速软件 -官方试用下载 (insvast.com)文章来源地址https://www.toymoban.com/news/detail-525733.html