采用VMD按照某一坐标轴旋转坐标结构-Toy模板网

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选择所有原子，并记为 $a ll$

 set all [atomselect top all]

绕着z轴旋转90

 $all move [transaxis z -90]

1. 旋转前

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2. 绕着Y轴旋转30° 旋转后

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3. 调整盒子大小

measure minmax $all

$all moveby {1.5506435602219426e-6 1.8080943391396431e-6 8.952644634518947e-7}

measure minmax $all

pbc set {123.67752075195313 142.7479705810547 71.4052505493164}

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