picard安装时报错“Exception in thread “main“ java.lang.UnsupportedClassVersionError”-Toy模板网

这篇具有很好参考价值的文章主要介绍了picard安装时报错“Exception in thread “main“ java.lang.UnsupportedClassVersionError”。希望对大家有所帮助。如果存在错误或未考虑完全的地方，请大家不吝赐教，您也可以点击"举报违法"按钮提交疑问。

最近在通过GATK所介绍的best practice流程来call SNP流程

1.流程

1.1 BWA比对，获得sam文件

1.2 准备用picard来压缩排序sam文件为bam文件，并对bam文件进行去重复（duplicates marking）

这是就需要用到picard软件按照教程网页上给的下载路径picard download | SourceForge.net，里面是2015年的1.119版本，下载解压缩后，按照官网教程Picard Tools - By Broad Institute进行测试时发现，picard竟然无法正常使用

这是查了后才知道，由于picard是java软件，picard-1.119版本却不支持我的电脑上的java 1.8

输入命令

java -jar ./opt/picard.jar

(base) [hgzhong@head01 picard]$ java -jar /data/home/hgzhong/home/software_set/picard/picard.jar -h
Error: A JNI error has occurred, please check your installation and try again
Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: picard/cmdline/PicardCommandLine has been compiled by a more recent version of the Java Runtime (class file version 61.0), this version of the Java Runtime only recognizes class file versions up to 52.0
        at java.lang.ClassLoader.defineClass1(Native Method)
        at java.lang.ClassLoader.defineClass(ClassLoader.java:763)
        at java.security.SecureClassLoader.defineClass(SecureClassLoader.java:142)
        at java.net.URLClassLoader.defineClass(URLClassLoader.java:467)
        at java.net.URLClassLoader.access$100(URLClassLoader.java:73)
        at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:368)
        at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:362)
        at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
        at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:361)
        at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:424)
        at sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Launcher.java:349)
        at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:357)
        at sun.launcher.LauncherHelper.checkAndLoadMain(LauncherHelper.java:495)

出现报错，出现此错误的原因是picard的版本要求与自己服务器安装的java版本不兼容，自己的java version是1.8.0，但是自己下载的是最新版本的picard3.0.0(对java版本要求较高)，故自己选择picard2.25.5 的旧版本，下载链接 picard2.25.5

picard安装时报错“Exception in thread “main“ java.lang.UnsupportedClassVersionError”,软件安装,linux

2.下载并安装

下载网址 picard

picard安装时报错“Exception in thread “main“ java.lang.UnsupportedClassVersionError”,软件安装,linux

然后解压即可使用 ,输入一下命令，查看是否安装成功

#利用file命令查看文件类型
file picard.jar #显示为zip压缩格式
#解压缩，unzip
unzip picard.jar

#利用java -jar命令，测试一下picard
java -jar picard.jar

picard安装时报错“Exception in thread “main“ java.lang.UnsupportedClassVersionError”,软件安装,linux

出现以上结果，则表明安装成功！文章来源地址https://www.toymoban.com/news/detail-535338.html

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