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主要专栏内容包括：
†《LAMMPS小技巧》：
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\textbf{ \underline{\dag《LAMMPS小技巧》：}}
†《LAMMPS小技巧》： 主要介绍采用分子动力学（
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Lammps
Lammps）模拟相关安装教程、原理以及模拟小技巧（难度：
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††《LAMMPS实例教程—In文件详解》：
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††《LAMMPS实例教程—In文件详解》： 主要介绍采用分子动力学（
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Lammps
Lammps）模拟相关物理过程模拟。（包含：热导率计算、定压比热容计算，难度：
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†††《Lammps编程技巧及后处理程序技巧》：
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\textbf{ \underline{\dag\dag\dag《Lammps编程技巧及后处理程序技巧》：}}
†††《Lammps编程技巧及后处理程序技巧》： 主要介绍针对分子模拟的动力学过程（轨迹文件）进行后相关的处理分析（需要一定编程能力。难度：
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††††《分子动力学后处理集成函数—Matlab》：
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\textbf{ \underline{\dag\dag\dag\dag《分子动力学后处理集成函数—Matlab》：}}
††††《分子动力学后处理集成函数—Matlab》： 主要介绍针对后处理过程中指定函数，进行包装，方便使用者直接调用（需要一定编程能力，难度：
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★）。
†††††《SCI论文绘图—Python绘图常用模板及技巧》：
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\textbf{ \underline{\dag\dag\dag\dag\dag《SCI论文绘图—Python绘图常用模板及技巧》：}}
†††††《SCI论文绘图—Python绘图常用模板及技巧》： 主要介绍针对处理后的数据可视化，并提供对应的绘图模板（需要一定编程能力，难度：
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††††††《分子模拟—Ovito渲染案例教程》：
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\textbf{ \underline{\dag\dag\dag\dag\dag\dag《分子模拟—Ovito渲染案例教程》：}}
††††††《分子模拟—Ovito渲染案例教程》： 主要采用
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\rm Ovito
Ovito软件，对
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\rm Lammps
Lammps 生成的轨迹文件进行渲染（难度：
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† 开源后处理集成程序：请关注专栏《LAMMPS后处理——MATLAB子函数合集整理》
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\rm lammps\_materials@163.com
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一、物理模型构建-液体氧化硅表面的润湿行为
1. 初始结构：在氧化硅表面构建液体模型
2. 平衡态：液滴与氧化硅表面呈现一定接触角
二、根据Ovito识别液滴表面
1. 确定表面原子
这里需要点击 S u r f a c e m e s h \rm Surface\ mesh Surface mesh，首先选择出液体对应的type，这将进一步作为全局变量，成为每一个原子的一个property。
2. 在 E x p r e s s i o n s e l e c t i o n \rm Expression\ selection Expression selection中选择边界
1. 这里我们可以看到，多了一个 S u r f a c D i s t a n c e \rm SurfacDistance SurfacDistance的选择。
2. 选择边界，具体请下载测试文件。
3. 删除其他原子
文章来源：https://www.toymoban.com/news/detail-537929.html
三、Matlab程序绘图
clc;clear;
% file is file path of lammps file
file = 'plot.dump'
try
dump = fopen(file,'r');
catch
error('Dumpfile not found!');
end
i=1;
while feof(dump) == 0
id = fgetl(dump);
if (strncmpi(id,'ITEM: TIMESTEP',numel('ITEM: TIMESTEP')))
timestep(i) = str2num(fgetl(dump));
else
if (strncmpi(id,'ITEM: NUMBER OF ATOMS',numel('ITEM: NUMBER OF ATOMS')))
Natoms(i) = str2num(fgetl(dump));
else
if (strncmpi(id,'ITEM: BOX BOUNDS',numel('ITEM: BOX BOUNDS')))
x_bound(i,:) = str2num(fgetl(dump));
y_bound(i,:) = str2num(fgetl(dump));
z_bound(i,:) = str2num(fgetl(dump));
else
if (strcmpi(id(1:11),'ITEM: ATOMS'))
for j = 1 : 1: Natoms
atom_data(j,:,i) = str2num(fgetl(dump));
end
i=i+1;
end
end
end
end
end
XYZ = atom_data(:,3:5,:);
for i = 1:40
XYZ_plot = XYZ(:,:,i);
drawnow;
sz = 150;
scatter(XYZ_plot(:,2),XYZ_plot(:,3),sz,'MarkerEdgeColor',[0 .5 .5],...
'MarkerFaceColor',[0 .7 .7],...
'LineWidth',1.5);box on;
line([0 143],[22 22],'LineWidth',3,'Color','k','LineStyle','-');
xlim([0 143]);
ylim([0 200]);
% plot(xx(1:1:end)',temp(1:1:end,ii),"ko");hold on;
% plot(xx(30:70)',p1(1).*(xx(30:70))'+(p1(2)),...
% 'r-.','Linewidth',5);
%
xlabel('Y axis','fontsize',20);
ylabel('Z axis','fontsize',20);
set(gca,'fontsize',20,'linewidth',1.5);
% title(strcat("frame: ",num2str(ii)));
%
print(num2str(i),'-djpeg','-r200');
end
四、测试文件
链接：请点击
提取码：ij47文章来源地址https://www.toymoban.com/news/detail-537929.html
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![[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线](https://imgs.yssmx.com/Uploads/2024/02/702149-1.jpeg)
