R语言丨根据VCF文件设计引物,自动识别两样本差异SNP位点,调用samtools获取上下游参考序列

这篇具有很好参考价值的文章主要介绍了R语言丨根据VCF文件设计引物,自动识别两样本差异SNP位点,调用samtools获取上下游参考序列。希望对大家有所帮助。如果存在错误或未考虑完全的地方,请大家不吝赐教,您也可以点击"举报违法"按钮提交疑问。

根据变异位点设计引物序列

今天碰到一个新问题:假如有一个vcf文件储存了两个样品的变异位点基因型数据,每行代表一个位点,我现在想找出两样本差异的SNP位点,再把差异位点用[REF/ALT]的形式表示,然后将其在参考基因组上下游100bp的序列找出来放在差异位点前后位置,得到一个序列文本,用于设计引物。


解决思路

  • 如何判断差异SNP?

    通过循环判断两个样品的基因型信息实现,相同时为same,不同时为diff

  • 如何提取差异位点?

    通过tidyverse系列函数filter实现筛选,只选取s开头的SNP位点

  • 如何获取参考基因组某段序列?

    通过samtools调用faidx功能实现序列查询

  • 如何生成引物设计信息?

    通过合并字符串生成最终结果

下面是详细的实现方法,可以批量对vcf文件的差异位点生成引物设计数据,测试环境为linux R4.2.3,支持云端计算,如有建议或者需要欢迎联系后台交流。

1. 加载所需的库

首先,需要加载两个R包:vcfR和tidyverse。这两个包提供了处理VCF文件和数据处理的功能。文章来源地址https://www.toymoban.com/news/detail-557602.html

library(vcfR)
library(tidyverse)

到了这里,关于R语言丨根据VCF文件设计引物,自动识别两样本差异SNP位点,调用samtools获取上下游参考序列的文章就介绍完了。如果您还想了解更多内容,请在右上角搜索TOY模板网以前的文章或继续浏览下面的相关文章,希望大家以后多多支持TOY模板网!

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