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KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
学习链接：
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示例：我要找人的结直肠癌信号通路：
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上一次，我们介绍如何根据显著性snp，使用bedtools根据上下游距离，根据gff文件注释基因。 这一次，介绍一下如何根据注释的基因，进行富集分析，主要是看一下GWAS定位的基因有没有某一个趋势，也算是一种验证的方法。比如籽粒大小找到的30个候选基因，如果都与籽粒发育
同一个图（这里的图是抽象的数学定义）可以有不同的图形表示方法 1.重数：两点之间的平行边的个数 1.得到 n! 的过程，一个图中的一个结点在另一个图中对应的结点有n种可能（黄框中定义的图来讨论），这个对应好后下一个结点有 n - 1 种可能，再下一个有n-2种，直到最
题目： 给定有向图，设计一个算法，找出两个节点之间是否存在一条路径。 示例： 输入：n = 3, graph = [[0, 1], [0, 2], [1, 2], [1, 2]], start = 0, target = 2 输出：true 解题思路： 本题借助队列，利用队列的先进先出的特点，保证访问每个节点的顺序不被破坏。 1. 建立邻接表map ，讲
上期“ 干货预警——原来基因功能富集分析这么简单！ ”和“ 【R语言】——基因GO/KEGG功能富集结果可视化（保姆级教程） ”介绍如何使用DAVID在线分析工具对基因进行GO/KEGG功能富集分析和使用R ggplot包对获得的基因GO/KEGG功能富集结果进行可视化。本期介绍使用R clusterPro
上期“原来基因功能富集分析这么简单”介绍如何使用DAVID在线分析工具对基因进行GO/KEGG功能富集分析。本期则介绍使用R语言ggplot包对DAVID在线分析工具所获得的基因GO/KEGG功能富集结果进行可视化。 1 数据准备 数据输入格式（xlsx格式）： 注：DAVID导出来的“%”这列为“Ge
二代测序发现的变异数量是巨大的，以人类基因组为例，1个人类基因组包含近3500000个SNV突变和1000个拷贝数变异，其中约20000-25000个变异是在编码区，10000个位点发生了氨基酸编码改变，仅有50-100个发生了蛋白截断或功能缺失，手动检查每个位点非常耗时且有些不切实际。 V
运行以下代码出现报错，探究原因： 出现以下报错： 进行解决，查到第一个解决方法是把阈值降低，即将 pvalueCutoff = 0.01,qvalueCutoff = 0.05, 修改为： pvalueCutoff = 0.2,qvalueCutoff = 0.2, 但是依旧有以上报错，不断尝试网上的方法依然有问题，发现还是clusterProfiler包的问题，昨天在进
节点间通路。给定有向图，设计一个算法，找出两个节点之间是否存在一条路径。 点击此处跳转题目。 示例1: 输入： n = 3, graph = [[0, 1], [0, 2], [1, 2], [1, 2]], start = 0, target = 2 输出： true 示例2: 输入： n = 5, graph = [[0, 1], [0, 2], [0, 4], [0, 4], [0, 1], [1, 3], [1, 4], [1, 3], [2, 3],
RNA-seq:5-sratoolkit 下载数据 RNA-seq:6-qc-1 # 创造conda环境 # 然后跑不出来报告，一直显示java报错，还把miniconda给卸了，bin环境也让我搞得乱七八糟...... #解决方法如下
网址：http://www.sxdyc.com/gradeSsgsea 1、数据准备 第一个文件：表达谱数据 第二个文件：功能基因集 2、提交后，等待运行成功即可下载 当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析
