生信豆芽菜-山峦图分析使用说明

这篇具有很好参考价值的文章主要介绍了生信豆芽菜-山峦图分析使用说明。希望对大家有所帮助。如果存在错误或未考虑完全的地方,请大家不吝赐教,您也可以点击"举报违法"按钮提交疑问。

网站:http://www.sxdyc.com/visualsRidges
一、山峦图简介
山峦图(Ridgeline plots),本质上是多个核密度曲线图的相互重叠组合,也可以看作是只有半个“小提琴”的横向小提琴图,主要用于展示和比较数据(比如基因的表达量、物种的丰度等)的分布情况。适用于各类常规实验、转录组、代谢组、蛋白组、微生物等丰度数据,可以用箱型图、小提琴图展示的数据都适用于山峦图。
二、使用方法
1.打开网址(http://www.sxdyc.com/singleCollectionTool?href-diff),选择“山峦图”
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  1. 准备数据:可以是两列也可以是多列数据,第一列为样本名,该名称要与后面的分组的样本名对应,后面可以是基因表达量(也就是我们想要展示某一个特征的数值)
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  2. 一个样本分组信息,数据格式用为txt文本,以制表符分割
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  3. 输入x轴的标签、分组的颜色(这里需要注意的是,有几个分组选几个颜色),图片的宽度和高度自行设置
    如果是只有一列特征,则分面(选择no),展示plot个数/列(每一列plot的个数为1)。
    如果是多个特征,可以选择分面(yes),分面后的数据,显示的就是每一个特征的表达图,也可以选择分面(no),显示的就是所有特征综合表达图
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  4. 输入分析队列名,点击提交,等待完成,查看结果
    同样的一组数据,我们看一下分面yes/no的结果
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当然,如果不清楚数据是什么样的,可以选择下载我们的示例数据,也可以关注:豆芽数据分析

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