MIMIC-IV数据提取教程

这篇具有很好参考价值的文章主要介绍了MIMIC-IV数据提取教程。希望对大家有所帮助。如果存在错误或未考虑完全的地方,请大家不吝赐教,您也可以点击"举报违法"按钮提交疑问。

一、获取MIMIC-IV数据库

MIMIC-IV数据库需要申请权限,具体怎么申请我之前的博客发的有:MIMIC数据库申请流程

以最新的MIMIC-IV 2.2版本为例,首先打开页面拖动到最底端:https://physionet.org/content/mimiciv/2.2/

 MIMIC-IV数据提取教程,MIMIC,MIMIC数据提取,MIMIC数据获取,MIMIC-IV

直接下载解压下来,这是我们已经获取到了MIMIC数据,接下来就是安装数据库

二、安装PostgreSQL数据库

首先进入PostgreSQL数据库下载的官网:https://www.postgresql.org/download/

MIMIC-IV数据提取教程,MIMIC,MIMIC数据提取,MIMIC数据获取,MIMIC-IV

我的操作系统是windows,所以选取中间这个

MIMIC-IV数据提取教程,MIMIC,MIMIC数据提取,MIMIC数据获取,MIMIC-IV

点击这里

MIMIC-IV数据提取教程,MIMIC,MIMIC数据提取,MIMIC数据获取,MIMIC-IV

我选择的是这个14.9版本的,下载下来

双击下载好的程序

MIMIC-IV数据提取教程,MIMIC,MIMIC数据提取,MIMIC数据获取,MIMIC-IV

下一步

MIMIC-IV数据提取教程,MIMIC,MIMIC数据提取,MIMIC数据获取,MIMIC-IV

这里四项全部勾选上

MIMIC-IV数据提取教程,MIMIC,MIMIC数据提取,MIMIC数据获取,MIMIC-IV

这一步是存放数据的目录,建议不要放在C盘

MIMIC-IV数据提取教程,MIMIC,MIMIC数据提取,MIMIC数据获取,MIMIC-IV

设置数据库管理员密码,一定要牢记

MIMIC-IV数据提取教程,MIMIC,MIMIC数据提取,MIMIC数据获取,MIMIC-IV

使用数据库默认的端口号

MIMIC-IV数据提取教程,MIMIC,MIMIC数据提取,MIMIC数据获取,MIMIC-IV

这一步是设置数据库地区的,默认就行,点击确定安装完成

MIMIC-IV数据提取教程,MIMIC,MIMIC数据提取,MIMIC数据获取,MIMIC-IV

在搜索中打开SQL shell命令行,输入设置的数据库密码,底下显示postgres=#则数据库已经安装完成

下面就是数据提取

三、数据提取

官方提供了数据提取的代码,网址:https://github.com/MIT-LCP/mimic-code

MIMIC-IV数据提取教程,MIMIC,MIMIC数据提取,MIMIC数据获取,MIMIC-IV

下载解压

MIMIC-IV数据提取教程,MIMIC,MIMIC数据提取,MIMIC数据获取,MIMIC-IV

这两个文件是我们需要用到的文件

然后打开安装好的PostgreSQL数据库,输入管理员密码

第一步:创建mimiciv数据库

drop database if exists mimiciv;
create database mimiciv owner postgres;

MIMIC-IV数据提取教程,MIMIC,MIMIC数据提取,MIMIC数据获取,MIMIC-IV

分别输入这两行命令,创建数据库

第二步: 调用脚本创建表

# 进入mimiciv数据库
\c mimiciv
# 调用create.sql脚本创建表,这里是你们存放官方提取数据代码文件夹的位置
\i E:/MIMIC/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/create.sql

MIMIC-IV数据提取教程,MIMIC,MIMIC数据提取,MIMIC数据获取,MIMIC-IV

第三步:加载数据

# 设置mimiciv数据存放路径
\set mimic_data_dir 'E:/MIMIC/mimic-iv-2.2'
# windows下需要设置编码方式为UTF8,否则会报错
\encoding 'UTF8'
# 加载数据,路径修改为load_7z.sql存放的路径
\i E:/MIMIC/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/load_7z.sql

注:如果此步骤提示无法打开.7z格式文件,需要下载7zip解压软件并配置系统的环境变量,这里不做过多解释。 

MIMIC-IV数据提取教程,MIMIC,MIMIC数据提取,MIMIC数据获取,MIMIC-IV

加载数据完成 

数据可视化

我们需要用到Navicat数据可视化工具,破解版的软件教程网上有很多,这里就不再叙述了

MIMIC-IV数据提取教程,MIMIC,MIMIC数据提取,MIMIC数据获取,MIMIC-IV

建立和PostgreSQL数据库的连接

MIMIC-IV数据提取教程,MIMIC,MIMIC数据提取,MIMIC数据获取,MIMIC-IV

数据提取完成!

四、导入官方物化视图

视图是数据库的一个概念,它与数据库表的区别就是,视图的数据是要实时查出来的,视图的数据并没有存储在硬盘中。它的优点就是不需要占用硬盘空间(mimic-iv的所有视图会占用将近40G空间),缺点就是每次使用视图都需要先连表把数据查出来(这个过程非常花时间)

# 首先进入数据库
\c mimiciv

将当前目录切换至官方生成视图的代码目录

\cd 'E:/MIMIC/mimic-code-main/mimic-iv/concepts_postgres'

生成函数

\i postgres-functions.sql

MIMIC-IV数据提取教程,MIMIC,MIMIC数据提取,MIMIC数据获取,MIMIC-IV

生成视图

\i postgres-make-concepts.sql

MIMIC-IV数据提取教程,MIMIC,MIMIC数据提取,MIMIC数据获取,MIMIC-IV

时间可能会比较长

如有错误,欢迎指教!文章来源地址https://www.toymoban.com/news/detail-687481.html

到了这里,关于MIMIC-IV数据提取教程的文章就介绍完了。如果您还想了解更多内容,请在右上角搜索TOY模板网以前的文章或继续浏览下面的相关文章,希望大家以后多多支持TOY模板网!

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处: 如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请点击违法举报进行投诉反馈,一经查实,立即删除!

领支付宝红包 赞助服务器费用

相关文章

  • 002 【科研神器】数据提取工具 WebPlotDigitizer 使用教程

    直接在官网上进行下载 automeris.io,选择右上角的下载按钮,再根据电脑位数选择对应版本进行下载。 下载后将得到一个压缩包,直接解压缩,双击 WebPlotDigitizer-4.7.exe 即可运行,得到如下界面。 本节将以最基本的二维图像为例,展示如何获取图像数据。 保存提取数据的图像

    2024年04月23日
    浏览(38)
  • 用UiPath实现网页抓取——表格数据提取-1-单击选择分类-ISO标准化-01-综合、术语、标准化、文献目录获取

    准备获取目录的链接是 全国标准信息公告服务平台链接: https://std.samr.gov.cn/search/iso?tid=q= 第一步,标注啊类型选择——ISO 第二步,标准化状态选择——现行 第三步,ICS分类选择——01_综合、术语标准化、文献 将数据分别复制到excel文件中,如下图。 由于国际标准分类号在

    2024年02月04日
    浏览(55)
  • 网页爬虫逆向与AST入门系列教程(六、AST的应用之数据提取与分析)

    在前面的文章中,我们介绍了AST的基本概念、生成方法以及在代码混淆解析和反爬虫技术解析中的应用。在本篇中,我们将探讨AST在网页爬虫逆向中另一个重要的应用领域:数据提取与分析。 1. 数据提取与分析简介 数据提取与分析是指从网页中提取出所需的数据,并对其进

    2024年02月12日
    浏览(60)
  • BCI Competition IV 2a数据集介绍

    本文是在结合了官方的英文介绍以及各大佬的讲解之后,根据我的个人理解整理出的关于BCICIV 2a数据集的简介,如有错误还请指正。 相关链接如下: 数据集下载链接(.gdf文件版本) 数据集下载链接(.mat文件版本) 官方介绍文档(PDF) 一、整体介绍 数据集由9名受试者的EEG数据组成

    2024年02月02日
    浏览(40)
  • 运动想象代码复现,数据集BCI IV-2a

    原论文: EEG-TCNet: An Accurate Temporal Convolutional Network for Embedded Motor-Imagery Brain–Machine Interfaces 摘要: 近年来,深度学习(DL)为改善基于脑电图的运动-图像脑-机器接口(MI-BMI)做出了重大贡献。机器接口(MI-BMIs)做出了巨大贡献。在实现高分类精度的同时,DL模型的规模也在

    2024年02月14日
    浏览(34)
  • leecode 数据库:550. 游戏玩法分析 IV

    数据导入: Table:  Activity 编写一个 SQL 查询,报告在首次登录的第二天再次登录的玩家的比率,四舍五入到小数点后两位。换句话说,您需要计算从首次登录日期开始至少连续两天登录的玩家的数量,然后除以玩家总数。 查询结果格式如下所示: 思路: 计算从首次登录日期开

    2024年02月03日
    浏览(44)
  • 图片坐标提取软件/图片坐标点和像素点颜色提取软件/图片坐标获取工具/Python图片坐标获取源码/图片像素坐标获取软件/查看图片点XY坐标(完全开源)

    该软件使用python写的,可以提取像素点的坐标还有也能获取像素点的16进制数据RGB565和RGB888(RGB888仅最新的源码才支持),可以单点坐标也可以按键坐标,甚至可以使用简单的左右键配合使用,自动复制到粘贴板,如果图片太大或者太小,也支持图片缩小放大,但是软件会对像素

    2024年02月15日
    浏览(43)
  • MySQL 数据库表格创建、数据插入及获取插入的 ID:Python 教程

    要在MySQL中创建表格,请使用\\\"CREATE TABLE\\\"语句。 确保在创建连接时定义了数据库的名称。 示例创建一个名为 \\\"customers\\\" 的表格: 如果上述代码没有出现错误,那么您已成功创建了一个表格。 您可以通过使用\\\"SHOW TABLES\\\"语句列出数据库中的所有表格来检查表格是否存在: 示例返

    2024年02月05日
    浏览(50)
  • python教程 入门学习笔记 第4天 数据类型 获取数据类型 字符串拼接

    数据类型 1、能直接处理的基本数据类型有5个:整型、浮点型、字符串、布尔值、空 1)整型(int)=整数,例如0至9,-1至-9,100,-8180等,人数、年龄、页码、门牌号等 没有小数位的数字,是整型 2)浮点型(float)=小数,例如金额、身高、体重、距离、长度、π等 精确到小

    2024年02月14日
    浏览(50)
  • 金融数据获取:当爬虫遇上要鼠标滚轮滚动才会刷新数据的网页(保姆级教程)

    目录 1. 谁这么会给我整活儿 2. Selenium模拟网页浏览器爬取 2.1 安装和准备工作 2.2.1 高度判断 2.2.2 顶部距离判断 3: 爬取内容 4: 完整代码,结果展示         什么,新浪的股票历史数据已经不直接提供了!          笔者前几日需要找一些澳洲市场的数据,奈何API没到

    2024年02月10日
    浏览(52)

觉得文章有用就打赏一下文章作者

支付宝扫一扫打赏

博客赞助

微信扫一扫打赏

请作者喝杯咖啡吧~博客赞助

支付宝扫一扫领取红包,优惠每天领

二维码1

领取红包

二维码2

领红包