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机器学习——聚类算法一

前言

在机器学习中，有多种聚类算法可以用于将数据集中的样本按照相似性进行分组。本文将介绍一些常见的聚类算法：

K-Means聚类
层次聚类
DBSCAN算法

机器学习——聚类算法一,python篇,机器学习,算法,聚类

一、基于numpy实现聚类

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import pandas as pd
from numpy.linalg import norm
import random
np.random.seed(42)
data = np.random.randn(100,2)  #生成一个包含100个样本点的随机数据集，每个样本有2个特征
df = pd.DataFrame(data= data,columns=["x1","x2"])

x1_min, x1_max, x2_min, x2_max = df.x1.min(), df.x1.max() ,df.x2.min(), df.x2.max()

# 初始化两个质心
centroid_1 = np.array([random.uniform(x1_min, x1_max), random.uniform(x2_min, x2_max)])
centroid_2 = np.array([random.uniform(x1_min, x1_max), random.uniform(x2_min, x2_max)])

data = df.values
#设置迭代次数为10
for i in range(10):
    clusters = []
    for point in data:
        centroid_1_dist = norm(centroid_1- point) #计算两点之间的距离
        centroid_2_dist = norm(centroid_2- point)
        cluster = 1
        if centroid_1_dist > centroid_2_dist:
            cluster = 2
        clusters.append(cluster)
    df["cluster"] = clusters

#更换质心（即迭代聚类点）
centroid_1 = [round(df[df.cluster == 1].x1.mean(),3), round(df[df.cluster == 1].x2.mean(),3)]
centroid_2 = [round(df[df.cluster == 2].x1.mean(),3), round(df[df.cluster == 2].x2.mean(),3)]

plt.scatter(x1, x2, c=df["cluster"])
plt.scatter(centroid_1,centroid_2, marker='x', color='red')
plt.show()

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二、K-Means聚类

2.1. 原理

K-means 是一种迭代算法，它将数据集按照距离划分为 K 个簇（其中K是用户预先指定的簇的数量），每个簇代表一个聚类（聚类后同一类数据尽可能聚集到一起，不同类数据分离）。实现步骤如下：

随机初始化K个质心，每个质心代表一个簇
将每个样本点分配到距离其最近的质心所代表的簇。（如此就形成了K个簇）
更新每个簇的质心，（即计算每个簇中样本点的平均值）
重复步骤2和步骤3，直到质心的位置不再改变或达到预定的迭代次数。

2.2. 代码实现

导入数据集，以鸢尾花（iris）数据集为例：

from sklearn.datasets import load_iris
import pandas as pd

# 加载数据集
iris = load_iris()

#查看数据集信息
print(iris.keys())
dict_keys(['data', 'target', 'frame', 'target_names', 'DESCR', 'feature_names', 'filename', 'data_module'])

#获取特征数据
data = iris["data"]

# 获取标签数据
target = iris["target"]
print(pd.Series(target).unique())
[0 1 2]


#查看分类名
print(iris["target_names"])
['setosa' 'versicolor' 'virginica']


#整合到数据框
import pandas as pd
df = pd.DataFrame(data= iris["data"],columns= iris["feature_names"])
print(df.head())
   sepal length (cm)  sepal width (cm)  petal length (cm)  petal width (cm)
0                5.1               3.5                1.4               0.2
1                4.9               3.0                1.4               0.2
2                4.7               3.2                1.3               0.2
3                4.6               3.1                1.5               0.2
4                5.0               3.6                1.4               0.2

确定初始化质点K的取值

肘部法则选择聚类数目：
该方法适用于K值相对较小的情况，随着聚类数目的增加，聚类误差（也称为SSE，Sum of Squared Errors）会逐渐减小。然而，当聚类数目达到一定阈值后，聚类误差的减小速度会变缓，形成一个类似手肘的曲线。这个手肘点对应的聚类数目就是肘部法则选择的合适聚类数目。

from sklearn.cluster import KMeans
import matplotlib.pyplot as plt
sse = []
# 设置聚类数目的范围
k_range = range(1, 10)
# 计算每个聚类数目对应的 SSE
for k in k_range:
    kmeans = KMeans(n_clusters=k,random_state = 42)
    kmeans.fit(df)
    sse.append(kmeans.inertia_)

# 绘制聚类数目与 SSE 之间的曲线图
plt.style.use("ggplot")
plt.plot(k_range, sse,"r-o")
plt.xlabel('Number of K')
plt.ylabel('SSE')
plt.title('Elbow Method')
plt.show()

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从图中可看出，当K=3时，该曲线变得比较平缓，则该点为肘部点。即最佳的聚类数目为K=3

从sklean中调用k-Means算法模型

from sklearn.cluster import KMeans
kmeans = KMeans(n_clusters=3,max_iter= 400,random_state=42)
kmeans.fit(df)
print(kmeans.cluster_centers_)
y_kmeans = kmeans.labels_
df["y_kmeans"] = y_kmeans

可视化聚类结果

绘制平面图：

plt.scatter(df["sepal length (cm)"], df["sepal width (cm)"], c=df["y_kmeans"], cmap='viridis')
# 绘制聚类中心
plt.scatter(kmeans.cluster_centers_[:, 0], kmeans.cluster_centers_[:, 1], c='red', marker='x', s=100)
plt.xlabel('Sepal Length')
plt.ylabel('Sepal Width')
plt.title('K-Means Clustering')
handles, labels = sc.legend_elements()
plt.legend(handles, labels)
plt.show()

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绘制三维图：

# 创建3D图形对象
fig = plt.figure(figsize=(8, 6))
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')
# 绘制散点图
sc = ax.scatter(df["sepal length (cm)"], df["sepal width (cm)"], df["petal length (cm)"], c=df["y_kmeans"], cmap='viridis')

# 绘制聚类中心
ax.scatter(kmeans.cluster_centers_[:, 0], kmeans.cluster_centers_[:, 1], kmeans.cluster_centers_[:, 2], c='red', marker='x', s=100)

ax.set_xlabel('Sepal Length')
ax.set_ylabel('Sepal Width')
ax.set_zlabel('Petal Length')
ax.set_title('K-Means Clustering')

# 添加图例
handles, labels = sc.legend_elements()
ax.legend(handles, labels)

plt.show()

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2.3. 局限性

k-Means算法通过距离来度量样本之间的相似性，因此对于非凸形状的聚类，算法可能无法正确地将样本划分到正确的聚类中。

k-Means算法对噪声和离群点敏感。这些异常值可能会影响到聚类结果，使得聚类变得不准确

需要事先指定聚类的数量k，而且对结果敏感。如果选择的聚类数量不合适，会导致聚类结果不准确或不理想。

比如这种情况：
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三、层次聚类

3.1. 原理

层次聚类（Agglomerative clustering)算法是一种基于树状结构的聚类方法，分为凝聚型和分裂型层次聚类。

分裂型层次聚类从整个数据集作为一个簇开始，然后逐步将簇分裂为更小的簇，直到达到预定的簇的数量或达到某个停止准则。

凝聚型层次聚类将数据集中的样本逐步合并为越来越大的簇。
即从N个簇开始（每个样本为一个簇），在每个步骤中合并两个最相似的簇，直到达到某个停止准则。

如图所示，从上（下）往下（上）：
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优点是可以直观地展示数据点之间的相似性关系，并且不一定要预先指定聚类簇的数量。
层次聚类的缺点是计算复杂度较高，且对数据的噪声和异常值比较敏感。

3.2. 代码实现

参数 linkage: 用于指定链接算法。
“ward” ：单链接，即两个簇的样本对之间距离的min
“complete”: 全链接，即两个簇的样本对之间距离的max
“average”：均链接，即两个簇的样本对之间距离的mean

参数 affinity : 用于计算距离。
“euclidean”：使用欧几里德距离来计算数据点之间的距离（这是默认的距离度量方法）。
“manhattan”：使用曼哈顿距离来计算数据点之间的距离，它是两个点在所有维度上绝对值之和的总和。
“cosine”：使用余弦相似度来计算数据点之间的距离。

from sklearn.cluster import AgglomerativeClustering
cluster = AgglomerativeClustering()
print(cluster.fit_predict(df))

cluster = AgglomerativeClustering(n_clusters= 3 ,linkage= "complete",affinity="manhattan")
cluster.fit(df)
df["cluster"] = cluster.labels_
print(cluster.labels_)


# 创建3D图形对象
fig = plt.figure(figsize=(8, 6))
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')
plt.style.use("ggplot")

for i in range(len(df["cluster"])):
    if df["cluster"][i] == 0:
        ax.scatter(df["sepal length (cm)"][i], df["sepal width (cm)"][i], df["petal length (cm)"][i],c = "red")
    elif df["cluster"][i] ==1:
        ax.scatter(df["sepal length (cm)"][i], df["sepal width (cm)"][i], df["petal length (cm)"][i],c = "blue")
    else:
        ax.scatter(df["sepal length (cm)"][i], df["sepal width (cm)"][i], df["petal length (cm)"][i],c = "yellow")

ax.set_xlabel('Sepal Length')
ax.set_ylabel('Sepal Width')
ax.set_zlabel('Petal Length')
ax.set_title('Clustering')
plt.show()

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四、DBSCAN算法

4.1. 原理

DBSCAN是一种基于密度的聚类算法，它能够发现任意形状的聚类簇，并且能够识别出噪声点，它将样本划分为核心点、边界点和噪声点。算法的步骤如下：

随机选择一个未访问的样本点。根据设置的距离半径（eps），称在这一范围的区域为该样本实例的邻域
如果该样本点的邻域内样本数大于设定的阈值（min_samples），则将其标记为核心点，并将其邻域内的样本点加入到同一个簇中。
如果该样本点的邻域内样本数小于设定的阈值，则将其标记为边界点。
重复以上步骤，直到所有样本点都被访问。
最后，任何不是核心点，且邻域中没有实例样本的样本点都将被标记为噪声点

4.2. 代码实现

from sklearn.cluster import DBSCAN
cluster = DBSCAN(eps= 0.6 , min_samples= 10)
cluster.fit(df)
df["cluster"] = cluster.labels_
print(df)

#-1代表噪声点
print(df["cluster"].value_counts())
 1    88
 0    49
-1    13
Name: cluster, dtype: int64


sc = plt.scatter(df["sepal length (cm)"],df["sepal width (cm)"],c = df["cluster"])
plt.title('DBSCAN Clustering')
handles, labels = sc.legend_elements()
plt.legend(handles, labels)
plt.show()

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from sklearn.cluster import DBSCAN
from sklearn.datasets import make_moons

# 生成随机数据
X, y = make_moons(n_samples=200, noise=0.05) 
print(X)

dbscan = DBSCAN(eps=0.3, min_samples=5)
dbscan.fit(X)

# 获取聚类标签
labels = dbscan.labels_

#因为设置的noise很小，故没有噪声点
print(pd.Series(labels).value_counts())
0    100
1    100
dtype: int64


# 绘制聚类结果
plt.scatter(X[:, 0], X[:, 1], c=labels)
plt.title('DBSCAN Clustering')
handles, labels = sc.legend_elements()
plt.legend(handles, labels)
plt.show()

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五、区别与相同点

1. 区别：

K-means是一种划分聚类算法，它将数据集划分为固定数量的簇（一定要预先指定簇的数量），而层次聚类（不一定要指定簇的数量）和DBSCAN算法（需要指定邻域半径和最小样本数），它们可以自动确定簇的数量。
K-means和层次聚类算法都假设簇具有相同的形状和大小，而DBSCAN算法可以发现任意形状和大小的簇。
K-means和层次聚类算法都对异常值敏感，而DBSCAN算法对异常值不敏感。（可去掉噪声点）