Linux 基础入门（学习笔记通俗易懂版）-Toy模板网

这篇具有很好参考价值的文章主要介绍了Linux 基础入门（学习笔记通俗易懂版）。希望对大家有所帮助。如果存在错误或未考虑完全的地方，请大家不吝赐教，您也可以点击"举报违法"按钮提交疑问。

Linux基础入门（学习笔记通俗易懂版）

本文章是学习了Linux的学习记录，着重记录了我对于Linux各命令的用法与感悟，欢迎各位大佬批评指正

记录者：CYH-BI

记录日期：2023年7月7日

本篇文章将使用虚拟机并安装centos 进行实操。关于虚拟机的安装请看其他教程，篇幅过长，不一展示。

Linux简介部分

Linux起初由Linus Torvalds与1991年编写，本质上是一个UNIX操作系统。目前的发行版本有Linux内核、shell环境、桌面软件、各类系统管理软件和应用软件共同构成的一个完整的Linux操作系统。在终端输入命令后，系统将命令输给内核执行，将返回的结果输出到指定位置。

根文件系统结构简介

文件系统结构与window系统类似（但差异较大），Linux系统含有一个根目录（/），该目录下又含有众多二级目录，如：

/bin （binary）:存放可执行文件
/dev (device):存放设备文件和特殊文件（比如光盘）
/etc ：存放系统配置文件
/home :普通的主目录所在位置
/lib :存放基本共享文件和内核模块
/mut (mount): 用于为需要挂在的文件系统提供挂在点（比如U盘）
/proc (process)：存放于内核和进程有关的信息
/root :根目录的主目录
/usr (user)：存放可共享的只读数据文件
/var (variable)：存放分类数据文件

路经的使用于window类似，比如我要进入某用户（lh）目录下的my目录,那么全路径为：/home/lh/my

第一个 / 表示根目录，lh用户在home目录下，my目录在lh下。

基本命令用法即实操

shutdown

功能：关闭、重启系统

命令格式：

shutdown [选项] 时间

主要参数：

-r (reboot) :重启系统

-h (halt) ：关闭系统

-P (poweroff) :关机（关闭系统与电源）

用法举例：

shutdown -h 5 #5分钟后关机
shutdown -r #立即重启系统
shutdown -r 5 #5分钟后重启系统
#上述太麻烦了，花里胡哨的，我一般使用下面的
reboot   #重启系统
poweroff  #立即关机

clear :清除当前屏幕（或终端）上显示的内容
su :普通用户转root用户，普通用户是 $ 开头，root 用户是 # 开头。该命令需要输入密码，且密码不可见，需要盲打。

man (manual):显示命令的说明手册

命令格式：

man 命令名

如果你某个命令忘记了如何使用或者是命令有哪些参数，该命令可以给出详解，举例如下

[cyh@localhost Desktop]$ man shutdown #回车，弹出说明文档，按q退出

man 命令麻烦了一点，我更喜欢命令加 –help 来显示用法，比如：

[cyh@localhost Desktop]$ shutdown --help  #直接在屏幕输出各参数以及用法
shutdown [OPTIONS...] [TIME] [WALL...]

Shut down the system.

     --help      Show this help
  -H --halt      Halt the machine
  -P --poweroff  Power-off the machine
  -r --reboot    Reboot the machine
  -h             Equivalent to --poweroff, overridden by --halt
  -k             Don't halt/power-off/reboot, just send warnings
     --no-wall   Don't send wall message before halt/power-off/reboot
  -c             Cancel a pending shutdown
[cyh@localhost Desktop]$

history :查看你使用过的所有命令，默认显示所有，可以指定显示条数（最近的）

命令格式：

history [查看命令行数]

用法举例：

[cyh@localhost Desktop]$ history 10  #显示最后10行
  448  vim log2.sh
  449  cat log2.sh
  450  bash log2.txt
  451  bash log2.sh
  452  who
  453  who -q
  454  man shutdown
  455  shutdown --help
  456  history -10
  457  history 10

ls （list）命令

功能：默认显示当前目录下的文件列表。如果所给参数是指定到某文件，则列出该文件有关信息

主要选项：

-a (all)：表示列出目录所有项，包括以“ . ”开始的隐藏文件

-l (list)：以列表形式列出文件

-d (directory)：仅列出目录本身信息

-R（recursive）：递归列出子目录内容

部分举例如下：

[cyh@localhost Desktop]$ ls   #在我的桌面上有6个文件，使用ls命令显示
gen2go.txt  gene2go  log2.sh  log2.txt  log.txt  shiyan5
[cyh@localhost Desktop]$ ls ./shiyan5 #列出shiyan5中所有文件，"./"表示当前文件路径，是"/home/cyh/Desktop"的简写，与ls /home/cyh/Desktop/shiyan5是一样的
guess_number.sh               identical_line.sh
identical_filebreaklines2.sh  identical_user.sh
identical_filebreaklines.sh   sum_and_product2.sh
identical_file.sh
[cyh@localhost Desktop]$ ls -l #-l参数，以列表形式列出文件
total 218464
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh   28788565 Jun 13 04:00 gen2go.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh  194901303 Jun 13 03:58 gene2go
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh         63 Jul  6 09:37 log2.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh        985 Jul  6 09:38 log2.txt
-rw-r--r--. 1 root root       236 Jul  5 23:12 log.txt
drwxrwxr-x. 2 cyh  cyh        233 Apr 22 03:27 shiyan5
[cyh@localhost Desktop]$ ls -a #表示列出目录所有项，包括以“ . ”开始的隐藏文件，结果显示有两个隐藏文件
.  ..  gen2go.txt  gene2go  log2.sh  log2.txt  log.txt  shiyan5
[cyh@localhost Desktop]$ ls -d  #仅列出目录本身信息
.
[cyh@localhost Desktop]$ ls -R  #递归列出子目录，在shiyan5文件中，含有子文件，也一一列出
.:
gen2go.txt  gene2go  log2.sh  log2.txt  log.txt  shiyan5

./shiyan5:
guess_number.sh               identical_line.sh
identical_filebreaklines2.sh  identical_user.sh
identical_filebreaklines.sh   sum_and_product2.sh
identical_file.sh
[cyh@localhost Desktop]$ ls -lR #参数可以叠加使用，以列表的形式递归列出文件
.:
total 218464
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh   28788565 Jun 13 04:00 gen2go.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh  194901303 Jun 13 03:58 gene2go
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh         63 Jul  6 09:37 log2.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh        985 Jul  6 09:38 log2.txt
-rw-r--r--. 1 root root       236 Jul  5 23:12 log.txt
drwxrwxr-x. 2 cyh  cyh        233 Apr 22 03:27 shiyan5

./shiyan5:
total 28
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 361 Apr 22 03:24 guess_number.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 228 Apr 22 02:16 identical_filebreaklines2.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 338 Apr 22 02:05 identical_filebreaklines.sh-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 205 Apr 22 01:01 identical_file.sh
-rwxrw-r--. 1 cyh cyh 191 Apr 21 02:18 identical_line.sh
-rwxrw-r--. 1 cyh cyh 214 Apr 21 03:06 identical_user.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 185 Apr 22 02:56 sum_and_product2.sh

pwd （print working directory）命令，字面意思，打印当前的目录（工作目录）完整路径

命令格式：
```
pwd [选项]
```
举例如下：
```
[cyh@localhost Desktop]$ pwd
/home/cyh/Desktop
```

cd （change directory）更改当前目录，不加参数转跳到用户的主目录

命令格式：

cd [选项] [文件或目录路径]

举例如下：

[cyh@localhost Desktop]$ cd ./shiyan5 #更改路径到shiyan5
[cyh@localhost shiyan5]$ pwd  #显示当前目录完整路径
/home/cyh/Desktop/shiyan5
[cyh@localhost shiyan5]$ cd     #不加任何参数，转跳至用户主目录，可看下行"~"
[cyh@localhost ~]$ cd /home/cyh/Desktop/shiyan5  #使用全路径
[cyh@localhost shiyan5]$       #到达shiyan5目录

[cyh@localhost shiyan5]$ cd ..  #返回上一层目录
[cyh@localhost Desktop]$ cd ../..    #返回上两层目录

stat 获取某文件基本信息

命令格式：

stat 文件或路径

举例：

[cyh@localhost shiyan5]$ ll  #查看以下该目录下有什么文件
total 28
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 361 Apr 22 03:24 guess_number.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 228 Apr 22 02:16 identical_filebreaklines2.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 338 Apr 22 02:05 identical_filebreaklines.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 205 Apr 22 01:01 identical_file.sh
-rwxrw-r--. 1 cyh cyh 191 Apr 21 02:18 identical_line.sh
-rwxrw-r--. 1 cyh cyh 214 Apr 21 03:06 identical_user.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 185 Apr 22 02:56 sum_and_product2.sh
[cyh@localhost shiyan5]$ stat ./sum_and_product2.sh  #查看该目录下sum_and_product2.sh文件，结果如下所示
  File: ‘./sum_and_product2.sh’
  Size: 185             Blocks: 8          IO Block: 4096   regular file
Device: fd00h/64768d    Inode: 78261       Links: 1
Access: (0664/-rw-rw-r--)  Uid: ( 1000/     cyh)   Gid: ( 1000/     cyh)
Context: unconfined_u:object_r:user_home_t:s0
Access: 2023-04-22 02:56:37.126073472 -0400
Modify: 2023-04-22 02:56:33.784094697 -0400
Change: 2023-04-22 02:56:33.785094676 -0400
 Birth: -
[cyh@localhost shiyan5]$

touch 命令

更新一个文件的访问和修改时间，如果没有该文件则新建该文件（我一般用来新建文件）

命令格式：

touch 文件或路径目录

举例：

[cyh@localhost Desktop]$ touch first_file.txt  #在桌面上新建first_file.txt文件
[cyh@localhost Desktop]$ ll  #查看以下桌面文件，ll为' ls -l '的简写
total 218464
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh          0 Jul 11 12:07 first_file.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh   28788565 Jun 13 04:00 gen2go.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh  194901303 Jun 13 03:58 gene2go
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh         63 Jul  6 09:37 log2.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh        985 Jul  6 09:38 log2.txt
-rw-r--r--. 1 root root       236 Jul  5 23:12 log.txt
drwxrwxr-x. 2 cyh  cyh        233 Apr 22 03:27 shiyan5
[cyh@localhost Desktop]$

mkdir 命令：新建目录

部分参数：

-p 递归创建目录

-m 给文件赋予某权限（请看下一个命令）

命令格式：

mkdir 目录路径

举例：

[cyh@localhost Desktop]$ mkdir first_dir #在当前目录下创建first_dir文件夹
[cyh@localhost Desktop]$ ls -l  #查看结果中是否有first_dir文件（结果第一个就是）
total 218464
drwxrwxr-x. 2 cyh  cyh          6 Jul 11 12:14 first_dir
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh          0 Jul 11 12:07 first_file.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh   28788565 Jun 13 04:00 gen2go.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh  194901303 Jun 13 03:58 gene2go
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh         63 Jul  6 09:37 log2.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh        985 Jul  6 09:38 log2.txt
-rw-r--r--. 1 root root       236 Jul  5 23:12 log.txt
drwxrwxr-x. 2 cyh  cyh        233 Apr 22 03:27 shiyan5

看到这里，新手就有疑惑了，有很多东西看不懂，比如，使用 ll -l 命令返回结果怎么看，那么请看如下：

drwxrwxr-x. 2 cyh  cyh          6 Jul 11 12:14 first_dir
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh          0 Jul 11 12:07 first_file.txt

在这里我截取了部分文件信息，我拆开来解释：

drwxrwxr-x. 2 cyh  cyh          6 Jul 11 12:14 first_dir
第一个字母 d ,表示这是一个目录（directory）,如果是 - ，代表这是个文件
rwxrwxr-x ,r 代表可读(read), w 代表可写(write)，x 代表可执行，- 代表没有
           前三个表示管理员（root）对该文件所拥有的权限(rwx,可读可写可执行）
           中间三个表示该文件的拥有者对该文件所拥有的权限(rwx,可读可写可执行)
           左后三个表示除了上面两种，其他人对该文件所拥有的权限(r-x,可读不可写可执行)
           rwx可用数字表示，r=4,w=2,x=1
cyh 第一个表示用户名，第二个表示所属组
6 Jul 11 12:14 创建或修改日期

创建一个最高权限的first_file2目录

mkdir -m 777  first_file2

第一个7，表示管理员拥有的权限，4+2+1 （rwx）,同理，第二个表示目录所属者，第三个所属组其他人

mv 命令

功能：移动或重命名文件或目录

命令格式：

mv [选项] 源文件或目录路径 目标文件或目录路径

主要选项：

-b (backup)：如果存在同名文件，覆盖前先备份原来的文件。

-f (force)：强制覆盖同名文件

使用举例：

[cyh@localhost first_dir]$ touch test1 test2  #先创建两个文件
[cyh@localhost first_dir]$ ll   #查看一下结果，该命令为 ls -l 的缩写
total 0
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 13 01:05 test1
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 13 01:05 test2
[cyh@localhost first_dir]$ mv -b test2 test1  #将test2改名为test1
[cyh@localhost first_dir]$ ll   #查看一下结果，该命令为 ls -l 的缩写,test1~表示备份文件
total 0
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 13 01:05 test1
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 13 01:05 test1~
[cyh@localhost first_dir]$ mv test1 /home/cyh/Desktop/shiyan5 #将test1移动到这个目录
[cyh@localhost first_dir]$ ll /home/cyh/Desktop/shiyan5  #查看结果，有test1文件
total 28
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 361 Apr 22 03:24 guess_number.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 228 Apr 22 02:16 identical_filebreaklines2.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 338 Apr 22 02:05 identical_filebreaklines.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 205 Apr 22 01:01 identical_file.sh
-rwxrw-r--. 1 cyh cyh 191 Apr 21 02:18 identical_line.sh
-rwxrw-r--. 1 cyh cyh 214 Apr 21 03:06 identical_user.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 185 Apr 22 02:56 sum_and_product2.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh   0 Jul 13 01:05 test1
[cyh@localhost first_dir]$

cp （copy）复制文件或目录

命令格式：

cp [选项] 源文件或者目录路径 目标文件或路径

主要选项：

-f (force)：强制覆盖同名文件

-b (backup)：如果存在同名文件，覆盖前先备份原来的文件。

-r (recursive)：以递归的方式复制文件（一个目录里可能还有目录，该该项可以复制目录里面的所有所有）

举例：

[cyh@localhost first_dir]$ ll #查看first_dir内容
total 0
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 13 01:05 test1~
[cyh@localhost first_dir]$ cp /home/cyh/Desktop/shiyan5/test1 /home/cyh/Desktop/first  #将shiyan5中的test1文件复制到first_dir中
_dir
[cyh@localhost first_dir]$ ll #再次查看first_dir内容
total 0
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 13 01:22 test1
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 13 01:05 test1~
[cyh@localhost first_dir]$ ll /home/cyh/Desktop/shiyan5 #查看shiyan5内容，test1还在
total 28
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 361 Apr 22 03:24 guess_number.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 228 Apr 22 02:16 identical_filebreaklines2.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 338 Apr 22 02:05 identical_filebreaklines.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 205 Apr 22 01:01 identical_file.sh
-rwxrw-r--. 1 cyh cyh 191 Apr 21 02:18 identical_line.sh
-rwxrw-r--. 1 cyh cyh 214 Apr 21 03:06 identical_user.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 185 Apr 22 02:56 sum_and_product2.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh   0 Jul 13 01:05 test1
[cyh@localhost first_dir]$ cp -r /home/cyh/Desktop/shiyan5 /home/cyh/Desktop/first_di #复制目录，将shiyan5整个目录复制到first_dir中
r
[cyh@localhost first_dir]$ ll  #查看一下first_dir中的内容，存在shiyan5且是个目录
total 0
drwxrwxr-x. 2 cyh cyh 246 Jul 13 01:26 shiyan5
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh   0 Jul 13 01:22 test1
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh   0 Jul 13 01:05 test1~
[cyh@localhost first_dir]$ ll /home/cyh/Desktop  #查看一下桌面上的shiyan5还在不在，答案是在
total 218464
drwxrwxr-x. 3 cyh  cyh         48 Jul 13 01:26 first_dir
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh          0 Jul 11 12:07 first_file.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh   28788565 Jun 13 04:00 gen2go.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh  194901303 Jun 13 03:58 gene2go
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh         63 Jul  6 09:37 log2.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh        985 Jul  6 09:38 log2.txt
-rw-r--r--. 1 root root       236 Jul  5 23:12 log.txt
drwxrwxr-x. 2 cyh  cyh        246 Jul 13 01:11 shiyan5
[cyh@localhost first_dir]$

当一个目录里有许多文件时，复制该目录时，应使用递归复制（-r）,否则报错哦！

rm (remove)：该命令用于删除文件或目录

命令格式：

rm [选项] 文件或路径

-f (force)：强制删除文件

-r (recursive)：递归的意思，可以删除某目录下的所有文件基子目录

用法举例：

[cyh@localhost first_dir]$ ll  #查看该目录下有什么
total 0
drwxrwxr-x. 2 cyh cyh 246 Jul 13 01:26 shiyan5
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh   0 Jul 13 01:22 test1
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh   0 Jul 13 01:05 test1~
[cyh@localhost first_dir]$ rm test1~  #删除test1~备份文件
[cyh@localhost first_dir]$ ll  #查看结果，删掉了
total 0
drwxrwxr-x. 2 cyh cyh 246 Jul 13 01:26 shiyan5
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh   0 Jul 13 01:22 test1
[cyh@localhost first_dir]$ rm -r /home/cyh/Desktop/first_dir #递归删除first_dir目录中的内容
[cyh@localhost first_dir]$ ll  #查看结果，显示温控
total 0
[cyh@localhost first_dir]$

有些文件需要还能加参数 -f ，但是请谨慎操作，一旦使用 -f 删除，就永久删除，无法找回。

rmdir :删除目录，特别注意只能删除空目录

用法举例：

[cyh@localhost shiyan1]$ ll
total 0
drwxrwxr-x. 2 cyh cyh  6 Jul 29 09:58 shiyan2
drwxrwxr-x. 3 cyh cyh 21 Jul 29 09:59 shiyan_feikng
[cyh@localhost shiyan1]$ rmdir shiyan_feikng
rmdir: failed to remove ‘shiyan_feikng’: Directory not empty  #提示错误，目录不为空
[cyh@localhost shiyan1]$ ll shiyan2  #shiyan2为空
total 0
[cyh@localhost shiyan1]$ rmdir shiyan2  #空目录删除
[cyh@localhost shiyan1]$ ll
total 0
drwxrwxr-x. 3 cyh cyh 21 Jul 29 09:59 shiyan_feikng

cat (concatenate) :查看文件内容

命令格式：

cat [选项] 文件路径

-n 显示行号（number）

用法举例：

[cyh@localhost shiyan1]$ cat sample.txt #当前目录下查看sample.txt文件内容

The linux system is great
I like it
2023.07.29
[cyh@localhost shiyan1]$ cat -n sample.txt  #显示行号
     1
     2  The linux system is great
     3  I like it
     4  2023.07.29
[cyh@localhost shiyan1]$ cat --help  #其他参数详细如下
Usage: cat [OPTION]... [FILE]...
Concatenate FILE(s), or standard input, to standard output.

  -A, --show-all           equivalent to -vET
  -b, --number-nonblank    number nonempty output lines, overrides -n
  -e                       equivalent to -vE
  -E, --show-ends          display $ at end of each line
  -n, --number             number all output lines
  -s, --squeeze-blank      suppress repeated empty output lines
  -t                       equivalent to -vT
  -T, --show-tabs          display TAB characters as ^I
  -u                       (ignored)
  -v, --show-nonprinting   use ^ and M- notation, except for LFD and TAB
      --help     display this help and exit
      --version  output version information and exit

With no FILE, or when FILE is -, read standard input.

Examples:
  cat f - g  Output f's contents, then standard input, then g's contents.
  cat        Copy standard input to standard output.

GNU coreutils online help: <http://www.gnu.org/software/coreutils/>
For complete documentation, run: info coreutils 'cat invocation'

more :显示内容，首先显示一个屏幕的内容，如果内容过多，一个屏幕显示不下，需要按Enter 键显示下一行，按Space 显示下一屏的内容，按Ctrl + c 退出。

命令格式：

more 文件路径

用法举例，我手套有个人类基因组功能注释文件，很大。

[cyh@localhost Desktop]$ more gen2go.txt
9606    1       GO:0003674      ND      enables molecular_function      -       Function
9606    1       GO:0005576      HDA     located_in      extracellular region    27068509 Component
9606    1       GO:0005576      IDA     located_in      extracellular region    3458201 Component
9606    1       GO:0005576      TAS     located_in      extracellular region    -       Component
9606    1       GO:0005615      HDA     located_in      extracellular space     16502470 Component
9606    1       GO:0005886      IBA     is_active_in    plasma membrane 21873635        Component
9606    1       GO:0008150      ND      involved_in     biological_process      -       Process
9606    1       GO:0031093      TAS     located_in      platelet alpha granule lumen    -Component
9606    1       GO:0034774      TAS     located_in      secretory granule lumen -       Component
9606    1       GO:0062023      HDA     located_in      collagen-containing extracellular
matrix  27559042        Component
--More--(0%)

tail :显示文本文件末尾部分，默认显示10行

命令格式：

tail [选项] 文件路径

-n 指定显示行数

用法举例：

[cyh@localhost Desktop]$ tail gen2go.txt  #默认显示最后10行
9606    124188214       GO:0003677      IEA     enables DNA binding     -       Function
9606    124188214       GO:0005634      IEA     located_in      nucleus -       Component
9606    124188214       GO:0030527      IEA     enables structural constituent of chromatin       -       Function
9606    124188214       GO:0046982      IEA     enables protein heterodimerization activity       -       Function
9606    125316803       GO:0005515      IPI     enables protein binding 32958672        Function
9606    125316803       GO:0005615      IDA     located_in      extracellular space     32958672  Component
9606    125316803       GO:0005730      IDA     located_in      nucleolus       32958672 Component
9606    127138866       GO:0003674      ND      enables molecular_function      -       Function
9606    127138866       GO:0008150      ND      involved_in     biological_process      -Process
9606    127138866       GO:0016020      IEA     located_in      membrane        -       Component
[cyh@localhost Desktop]$ tail -n 2 gen2go.txt  #指定显示最后两行
9606    127138866       GO:0008150      ND      involved_in     biological_process      -Process
9606    127138866       GO:0016020      IEA     located_in      membrane        -       Component
[cyh@localhost Desktop]$ tail --help  #查看其他参数及参数详解
Usage: tail [OPTION]... [FILE]...
Print the last 10 lines of each FILE to standard output.
With more than one FILE, precede each with a header giving the file name.
With no FILE, or when FILE is -, read standard input.

Mandatory arguments to long options are mandatory for short options too.
  -c, --bytes=K            output the last K bytes; or use -c +K to output
                             bytes starting with the Kth of each file
  -f, --follow[={name|descriptor}]
                           output appended data as the file grows;
                             an absent option argument means 'descriptor'
  -F                       same as --follow=name --retry
  -n, --lines=K            output the last K lines, instead of the last 10;
                             or use -n +K to output starting with the Kth
      --max-unchanged-stats=N
                           with --follow=name, reopen a FILE which has not
                             changed size after N (default 5) iterations
                             to see if it has been unlinked or renamed
                             (this is the usual case of rotated log files);
                             with inotify, this option is rarely useful
      --pid=PID            with -f, terminate after process ID, PID dies
  -q, --quiet, --silent    never output headers giving file names
      --retry              keep trying to open a file if it is inaccessible
  -s, --sleep-interval=N   with -f, sleep for approximately N seconds
                             (default 1.0) between iterations;
                             with inotify and --pid=P, check process P at
                             least once every N seconds
  -v, --verbose            always output headers giving file names
      --help     display this help and exit
      --version  output version information and exit

wc (word count) 显示文件行数，单词数，字节数等

命令格式：

wc [选项] 文件列表或目录

-c (character) :显示文件字节数

-l (line) :显示行数

-w (word) : 显示单词数

用法举例：

[cyh@localhost shiyan1]$ wc -clw sample.txt  #查看文件行数4，单词数9，字节数48
 4  9 48 sample.txt
[cyh@localhost shiyan1]$ cat sample.txt  #确认文件（第一行什么都没有，没有内容，也是一行）

The linux system is great
I like it
2023.07.29
[cyh@localhost shiyan1]$ wc --help  #查看全部选项详解
Usage: wc [OPTION]... [FILE]...
  or:  wc [OPTION]... --files0-from=F
Print newline, word, and byte counts for each FILE, and a total line if
more than one FILE is specified.  With no FILE, or when FILE is -,
read standard input.  A word is a non-zero-length sequence of characters
delimited by white space.
The options below may be used to select which counts are printed, always in
the following order: newline, word, character, byte, maximum line length.
  -c, --bytes            print the byte counts
  -m, --chars            print the character counts
  -l, --lines            print the newline counts
      --files0-from=F    read input from the files specified by
                           NUL-terminated names in file F;
                           If F is - then read names from standard input
  -L, --max-line-length  print the length of the longest line
  -w, --words            print the word counts
      --help     display this help and exit
      --version  output version information and exit

GNU coreutils online help: <http://www.gnu.org/software/coreutils/>
For complete documentation, run: info coreutils 'wc invocation'

date 查看时间（电脑或服务器系统显示时间）,也可以修改系统时间

举例：

[cyh@localhost shiyan1]$ date  #2023年7月29号下午十点45分55秒星期六
Sat Jul 29 10:45:55 EDT 2023

我一般用于查看脚本运行了多少时间，在命令前后各一个，如下

[cyh@localhost Desktop]$ cat log2.sh  #先查看一下脚本内容
#!/bin/bash
echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S")  #显示运行for循环结束前系统时间
for i in {1,2,3}  #for循环
do
  echo "I like R "  #循环输出该内容
done
echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S")  #显示运行for循环结束后系统时间
[cyh@localhost Desktop]$ bash log2.sh  #运行脚本，时间太短，
2023-07-29 10:54:34
I like R
I like R
I like R
2023-07-29 10:54:34
[cyh@localhost Desktop]$

who :列出当前系统的登入用户

命令格式：

who [选项]

-q 显示当前所有登录的用户名及当前在线人数

用法举例：

[cyh@localhost Desktop]$ who  #我远程登入使用两个窗口，所以有pts/0与pts/1之分
cyh      :0           2023-07-29 09:56 (:0)
cyh      pts/0        2023-07-29 09:57 (192.168.1.9)
cyh      pts/1        2023-07-29 10:10 (192.168.1.9)
[cyh@localhost Desktop]$ who -q #一个root(cyh)，其他是远程登录的不同窗口（可以认为一个账户户不同登入）
cyh cyh cyh
# users=3
[cyh@localhost Desktop]$

文本编辑

在看到这里，观众老爷们会问，什么是文本编辑。这个问题好哇！很容易理解，其实就是编辑文本，像word一样，改变文本内容。常用的文本编辑器是vi ，不同的发行版也有其他的文本编辑器，比如：gedit 、Emacs 、nano 等。我一般使用vim ，vim 是vi 的升级版。

vim 编辑器有三种工作模式：命令模式、编辑模式、末行模式。

命令模式

使用 vi [文件路径] ** 就可以启动vim** 编辑器进入命令模式，文件路径可以指定编辑文件所在位置，如果文件不存在就会创建一个新的文件。使用vi [文件路径] ** 命令后会转调至编辑页面，此时文件还无法输入字符。需要按某个字母就可以进行编辑，并且编辑器最后一行会显示“–INSERT–”** 就表明进入编辑模式可以进行编辑。字母有以下：
- i :按i 之后就可以在光标当前位置输入字符，并进入编辑模式
- a :在当前光标的下一个位置开始输入字符，并进入编辑模式
- /字符串 ：该命令非常方便定位在第一个特定字符后。按下**/** 后屏幕底部会出现**/** ，在**/** 号的后面输入你需要搜索的字符，后按Enter 后会从当前位置向尾部搜索，并定位在第一个匹配的字符串旁。非常方便在文字较多的文本。
- 等等还有好多（自行探索）
编辑模式

在使用命令模式按相应所需字符后，就可以进入编辑模式，该模式下就可以进行文本编辑。如果需要退出就需要按Esc 键重新回到命令模式
末行模式

当文本编辑完成后，按Esc 键由编辑模式回到命令模式，在按：号（冒号）就可以进入末行模式，并在编辑器底部显示 “ : ” ，后面接末行模式下命令提示符，命令提示符如下：
- w :写入到启动编辑器时你定义的指定路径下的文件中，可以理解为保存文件。
- q :退出编辑器，会提示你保存更改后文件，如果没有更改文件就不会有提示
- q! :强制退出编辑器，所编辑的文件全部不保存。
- wq :保存文本并退出编辑器
- wq! : 强制性保存文本并退出编辑器

用法举例：

vim /home/cyh/Desktop/sample.txt  #使用该命令后会进入编辑器，进入命令模式
#按命令模式中你所需要的字符，例如 i ，在当前光标位置输入文本，编辑器底部出现--INSERT--，进入编辑模式
# 编辑文本....   编辑后按Esc键，退出编辑模式，进入命令模式，按冒号进入末行模式，编辑器底部出现冒号
#在冒号后输入末行模式你需要的字符后回车，系统按你输入的指令执行

符号、特殊符号、正则表达式、重定向、管道符的使用

该部分是在学习前面部分的进阶。灵活度与难度较大。但勤加练习又很简单

通配符

通配符号有好多种，包括 ** * ** 、? 、[ ] 、- 、！等

***** 用于用于表示任意长度的任何字符

用法举例：

[cyh@localhost etc]$ cd /etc/abrt
[cyh@localhost abrt]$ ll
total 12
-rw-r--r--. 1 root root  850 Oct  1  2020 abrt-action-save-package-data.conf
-rw-r--r--. 1 root root 2118 Oct  1  2020 abrt.conf
-rw-r--r--. 1 root root   31 Oct  1  2020 gpg_keys.conf
drwxr-xr-x. 2 root root   95 Mar 12 09:47 plugins
[cyh@localhost abrt]$ ls -l /etc/abrt/*.conf  #查看该文件下以.conf结尾的文件
-rw-r--r--. 1 root root  850 Oct  1  2020 /etc/abrt/abrt-action-save-package-data.conf
-rw-r--r--. 1 root root 2118 Oct  1  2020 /etc/abrt/abrt.conf
-rw-r--r--. 1 root root   31 Oct  1  2020 /etc/abrt/gpg_keys.conf

? 表示任意一个字符，能够更准确的找到忘记文件名有摸棱两可的文件。

用法举例：

[cyh@localhost Desktop]$ ll
total 218464
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh          0 Jul 11 12:07 first_file.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh   28788565 Jun 13 04:00 gen2go.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh  194901303 Jun 13 03:58 gene2go
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh        124 Jul 29 10:53 log2.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh        985 Jul  6 09:38 log2.txt
-rw-r--r--. 1 root root       236 Jul  5 23:12 log.txt
drwxrwxr-x. 3 cyh  cyh         45 Jul 29 10:09 shiyan1
drwxrwxr-x. 2 cyh  cyh        246 Jul 13 01:11 shiyan5
[cyh@localhost Desktop]$ ls -l /home/cyh/Desktop/???.txt
-rw-r--r--. 1 root root 236 Jul  5 23:12 /home/cyh/Desktop/log.txt
[cyh@localhost Desktop]$ ls -l /home/cyh/Desktop/????.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 985 Jul  6 09:38 /home/cyh/Desktop/log2.txt
[cyh@localhost Desktop]$ ls -l /home/cyh/Desktop/??.txt
ls: cannot access /home/cyh/Desktop/??.txt: No such file or directory
[cyh@localhost Desktop]$ ls -l /home/cyh/Desktop/l??.txt
-rw-r--r--. 1 root root 236 Jul  5 23:12 /home/cyh/Desktop/log.txt
[cyh@localhost Desktop]$

由上面的结果可以看出，必须是一个问号匹配一个字符。

[ ] 、- 用于指定符号或者是数值的范围，！表示非（相反的）

用法举例：

[cyh@localhost Desktop]$ ls -l /home/cyh/Desktop/[a-z]*.*  #显示a到z开头的所有格式的文件
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh         0 Jul 11 12:07 /home/cyh/Desktop/first_file.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh  28788565 Jun 13 04:00 /home/cyh/Desktop/gen2go.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh       124 Jul 29 10:53 /home/cyh/Desktop/log2.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh       985 Jul  6 09:38 /home/cyh/Desktop/log2.txt
-rw-r--r--. 1 root root      236 Jul  5 23:12 /home/cyh/Desktop/log.txt
[cyh@localhost Desktop]$ ls -l /home/cyh/Desktop/[g-k]*.* #显示g到k开头的所有格式的文件
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 28788565 Jun 13 04:00 /home/cyh/Desktop/gen2go.txt
[cyh@localhost Desktop]$ ls -l /home/cyh/Desktop/[!g-k]*.* ##显示除g到k开头外的所有格式的文件
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh    0 Jul 11 12:07 /home/cyh/Desktop/first_file.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh  124 Jul 29 10:53 /home/cyh/Desktop/log2.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh  985 Jul  6 09:38 /home/cyh/Desktop/log2.txt
-rw-r--r--. 1 root root 236 Jul  5 23:12 /home/cyh/Desktop/log.txt
[cyh@localhost Desktop]$

特殊符号

特殊字符有：分号（; ）、& 、转义字符（ \ ** ）、输入重定向（< 、<<** ）、输出重定向（>、>> ）、管道符（| ）等

分号（; ）

当需要连续运行几条命令并且不想写脚本时，这是命令之间就可以使用分号（ ; ）隔开，且命令是连续运行的，输出结果是连续运行后的输出结果。

举例如下：

[cyh@localhost Desktop]$ ll  #先查看以下桌面的文件
total 218464
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh          0 Jul 11 12:07 first_file.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh   28788565 Jun 13 04:00 gen2go.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh  194901303 Jun 13 03:58 gene2go
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh        124 Jul 29 10:53 log2.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh        985 Jul  6 09:38 log2.txt
-rw-r--r--. 1 root root       236 Jul  5 23:12 log.txt
drwxrwxr-x. 3 cyh  cyh         45 Jul 29 10:09 shiyan1
drwxrwxr-x. 2 cyh  cyh        246 Jul 13 01:11 shiyan5
[cyh@localhost Desktop]$ cd ~  #返回到根目录
[cyh@localhost home]$ cd /home;cd cyh;cd Desktop;cd shiyan1  #使用分号连续执行命令
[cyh@localhost shiyan1]$  #返回结果，目录更该到了shiyan1

正则表达式

正则表达式是一种由特定语法规则定义的模式匹配工具。在Linux系统中，正则表达式常用于文本处理、日志分析、配置文件修改等任务。 Linux系统中最常见的正则表达式工具是grep、sed和awk。

以下是部分符号含义：

元字符	作用
*	前一个字符匹配0次或任意多次。
.	匹配除了换行符外的任意一个字符。
+	匹配前面的子表达式一次或多次。
?	匹配前面的子表达式0次或一次。
^	匹配行首。例如：^hello会匹配以hello开头的行。
$	匹配行尾。例如：hello&会匹配以hello结尾的行。
[]	匹配中括号中指定的任意一个字符，只匹配一个字符。例如：[aoeiu]匹配任意一个元音字母；[0-9]匹配任意一位数字；[a-z][0-9]匹配小写字母和一位数字组成的两位字符。
[^]	匹配除中括号中字符以外的任意一个字符。例如：[^{0-9]匹配任意一位非数字字符；[}a-z]匹配任意一位非小写字母。
\	转义符。用于取消特殊符号的含义。
{n}	表示其前面的字符恰好出现n次。例如：[0-9]{4}匹配任意4位数字，[1][3-8][0-9]{9}匹配手机号码。
{n,}	表示其前面的字符出现不小于n次。例如：[0-9]{2,}表示两位及其以上的数字。
{n,m}	表示其前面的字符至少出现n次，最多出现m次。例如：[a-z]{6,8}匹配6到8位的小写字母。
[[:XXX:]]	grep工具预定义的一些类，如[[:alpha:]]匹配一个字母。

懒得举例了：看这位博主得吧：Linux操作：正则表达式 - 知乎 (zhihu.com)

重定向

输入重定向（< 、<< ）、输出重定向（>、>> ）

一、

输出重定向（>、>> ）定向添加某些内容到某地（某文件），可以与echo 命令搭配使用

> 定向添加某些内容到某地（某文件），方式是覆盖输入，就是源文件内容会被覆盖

>> 定向添加某些内容到某地（某文件），方式是在文件末尾加入

例如：

添加内容：I like Linux system 到桌面上 shiyan1 文件夹中 sample.txt 文件中

1、末尾加入，使用 **>> ** , 请谨慎使用，执行前务必检查

[cyh@localhost shiyan1]$ pwd  #查看当前目录
/home/cyh/Desktop/shiyan1
[cyh@localhost shiyan1]$ ll  #检查是否含有sample.txt文件
total 4
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 48 Jul 29 10:09 sample.txt
drwxrwxr-x. 3 cyh cyh 21 Jul 29 09:59 shiyan_feikng
[cyh@localhost shiyan1]$ cat sample.txt  #先查看以下sample.txt里面的内容

The linux system is great
I like it
2023.07.29
[cyh@localhost shiyan1]$ echo "I like Linux system" >>./sample.txt #添加指定内容
[cyh@localhost shiyan1]$ cat sample.txt #查看是否添加了指定内容

The linux system is great
I like it
2023.07.29
I like Linux system
[cyh@localhost shiyan1]$

2、覆盖加入(全部覆盖掉)，使用 > ，请谨慎使用，执行前务必检查

[cyh@localhost shiyan1]$ echo "I like Linux system" >./sample.txt
[cyh@localhost shiyan1]$ cat sample.txt
I like Linux system

3、多文件合并

使用多文件合并可以使用cat 命令。

[cyh@localhost shiyan1]$ ll  #先查看文件内容（非必须）
total 16
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 80 Aug 17 05:14 cdx.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 94 Aug 17 21:26 ne.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 20 Aug 17 04:52 sample.txt
drwxrwxr-x. 3 cyh cyh 21 Jul 29 09:59 shiyan_feikng
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 14 Aug 17 05:14 z
[cyh@localhost shiyan1]$ cat sample.txt > ne.txt #将sample.txt的内容定向覆盖输入到ne.txt文件中
[cyh@localhost shiyan1]$ cat sample.txt #查看sample.txt文件内容
I like Linux system
[cyh@localhost shiyan1]$ cat ne.txt  #查看覆盖后的ne.txt文件内容
I like Linux system
[cyh@localhost shiyan1]$ cat cdx.sh  #查看cdx.sh内容
#!/bin/bash
z=3
cat ne.txt > z
while read z
do
echo "the number is ${z} "
done
                             #这行是空的，无内容
[cyh@localhost shiyan1]$ cat cdx.sh sample.txt >> ne.txt #将两个文件按先后顺序在ne.txt文件末尾加入，结果显示，输入的两个文件只要是cat能看的都可以
[cyh@localhost shiyan1]$ cat ne.txt  #查看结果
I like Linux system
I like Linux system
#!/bin/bash
z=3
cat ne.txt > z
while read z
do
echo "the number is ${z} "
done

I like Linux system
[cyh@localhost shiyan1]$

二、

输入重定向（< 、<< ）。和输出相似。

用法举例：

[cyh@localhost shiyan1]$ cat < ne.txt  #将文件内容重定向入cat查看。
1
2
6
7
23
99
[cyh@localhost shiyan1]$ cat << stop >ne.txt #键盘输入内容，以stop为终止关键字，定向入cat,定向输入到ne.txt文件（覆盖输入）
> The linux is great
> I like it
> stop  #结束关键字，在这个之前的内容会被覆盖输入
[cyh@localhost shiyan1]$ cat ne.txt  #查看结果
The linux is great
I like it
[cyh@localhost shiyan1]$ cat << end >> ne.txt #同上，在末尾加入
> hallo 
> hi
> end
[cyh@localhost shiyan1]$ cat ne.txt   #查看结果
The linux is great
I like it
hallo
hi
[cyh@localhost shiyan1]$ cat << lalala >>ne.txt #以lalala结尾
> hhhhhhhhhhhhh
> llllllllllll
> lelelelalala lalala    #这行也有个lalala字符串，但是并没有结束输入
> lalala   #从输入内容来看，关键字必须占新的一行，否者无法识别

总结：输入输出方面，搞清楚输入输出方向。例如，在举个例子：

[cyh@localhost shiyan1]$ echo "" >ne.txt #将文件里的内容删除（第一行不为空，只是没有内容）
[cyh@localhost shiyan1]$ cat ne.txt #查看文件

[cyh@localhost shiyan1]$ ll  #找一下文件，举个例子
total 16
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 80 Aug 17 05:14 cdx.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh  1 Aug 17 21:44 ne.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 20 Aug 17 04:52 sample.txt
drwxrwxr-x. 3 cyh cyh 21 Jul 29 09:59 shiyan_feikng
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 14 Aug 17 05:14 z
[cyh@localhost shiyan1]$ cat < cdx.sh >ne.txt #将cdx.sh内容重定向入cat命令，定向输出到ne.txt
[cyh@localhost shiyan1]$ cat ne.txt #查看结果
#!/bin/bash
z=3
cat ne.txt > z
while read z
do
echo "the number is ${z} "
done

[cyh@localhost shiyan1]$

错误输出重定向

在 > 前面加一个2，可以将命令执行过程产生的错误信息于结果区分开来，但都是输出在总端上，因此可以使用重定向输入到文件中保存。

举例：

[cyh@localhost shiyan1]$ ll  #查看以下有哪些文件
total 16
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 80 Aug 17 05:14 cdx.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 80 Aug 17 21:45 ne.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 20 Aug 17 04:52 sample.txt
drwxrwxr-x. 3 cyh cyh 21 Jul 29 09:59 shiyan_feikng
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 80 Aug 17 21:55 z
[cyh@localhost shiyan1]$ cat cdx1.sh 2> error.txt  #该命令会报错，因为没有这个文件，将信息输入到error.txt文件
[cyh@localhost shiyan1]$ cat error.txt  #查看文件内容，是报错提示信息
cat: cdx1.sh: No such file or directory
[cyh@localhost shiyan1]$ ll /home/cyh 2>> error.txt #附加重定向，运行后结果在屏幕输出
total 4
drwxr-xr-x. 4 cyh cyh 137 Jul 29 10:53 Desktop
drwxr-xr-x. 2 cyh cyh   6 Mar 12 10:18 Documents
drwxr-xr-x. 3 cyh cyh  19 Mar 15 11:03 Downloads
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 359 Jun  1 01:05 guss.sh
drwxr-xr-x. 2 cyh cyh   6 Mar 12 10:18 Music
drwxr-xr-x. 2 cyh cyh   6 Mar 12 10:18 Pictures
drwxr-xr-x. 2 cyh cyh   6 Mar 12 10:18 Public
drwxr-xr-x. 2 cyh cyh   6 Mar 12 10:18 Templates
drwxrwxr-x. 2 cyh cyh  42 Apr  7 07:50 test1
drwxr-xr-x. 2 cyh cyh   6 Mar 12 10:18 Videos
[cyh@localhost shiyan1]$ cat error.txt  #结果显示，并没有输入在文件中，为什么？？？因为2表示的是将错误信息输入到文件中，上步命令并没有报错，所以并不会在文件中添加任何信息
cat: cdx1.sh: No such file or directory

那么，我们需要将屏幕输出结果于错误信息都输出到某文件，又该如何操作呢？？这是后我们就需要改一下命令，如下：

[cyh@localhost shiyan1]$ ll /home/cyh > error.txt 2>&1 #将屏幕输出结果定向入error.txt文件。并且错误信息也可以输入
[cyh@localhost shiyan1]$ cat error.txt
total 4
drwxr-xr-x. 4 cyh cyh 137 Jul 29 10:53 Desktop
drwxr-xr-x. 2 cyh cyh   6 Mar 12 10:18 Documents
drwxr-xr-x. 3 cyh cyh  19 Mar 15 11:03 Downloads
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 359 Jun  1 01:05 guss.sh
drwxr-xr-x. 2 cyh cyh   6 Mar 12 10:18 Music
drwxr-xr-x. 2 cyh cyh   6 Mar 12 10:18 Pictures
drwxr-xr-x. 2 cyh cyh   6 Mar 12 10:18 Public
drwxr-xr-x. 2 cyh cyh   6 Mar 12 10:18 Templates
drwxrwxr-x. 2 cyh cyh  42 Apr  7 07:50 test1
drwxr-xr-x. 2 cyh cyh   6 Mar 12 10:18 Videos
[cyh@localhost shiyan1]$ ll /home/cyh1 > error.txt 2>&1 #cyh1文件是没有的
[cyh@localhost shiyan1]$ cat error.txt  #将错误信息成功输入到文件
ls: cannot access /home/cyh1: No such file or directory

到这里我们据可以发现为什么没有附加重定向呢？上述代码是不是又两个 > 呢？那怎么操作呢？？

看到这里，我们应该了解了。一个 > 是覆盖，两个是末尾附加，那么应该该哪一个呢？我们举例试一下就知道了：

[cyh@localhost shiyan1]$ ll /home/cyh1 > error.txt 2>&1  #先生成一个结果
[cyh@localhost shiyan1]$ cat error.txt #查看一些错误信息，预期结果，没有问题
ls: cannot access /home/cyh1: No such file or directory
[cyh@localhost shiyan1]$ ll /home/cyh1 > error.txt 2>>&1  #我们修改后面为两个>号
-bash: syntax error near unexpected token `&'  #报错，没有&这个东西
[cyh@localhost shiyan1]$ ll /home/cyh1 > error.txt 2>>1 #我们删掉&
[cyh@localhost shiyan1]$ cat error.txt #查看结果，结果没有，整个文件为空，所以不行
[cyh@localhost shiyan1]$ ll /home/cyh1 > error.txt 2>&1  #我们修改前面的，先把结果生成一个进去，更好展示
[cyh@localhost shiyan1]$ ll /home/cyh1 >> error.txt 2>&1 #修改前面的
[cyh@localhost shiyan1]$ cat error.txt #展示结果，符合预期，所以我们秩序记住，在文件前面的才是重定向的
ls: cannot access /home/cyh1: No such file or directory
ls: cannot access /home/cyh1: No such file or directory

& 用于后台执行命令，当执行文件需要一定时间时，我们可以挂在后台执行，当前总端就可以执行其他任务。我一般会搭配nohup 使用

举例如下：

[cyh@localhost shiyan1]$ cat cdx.sh & #在结尾加一个& 后台运行，不好用
[1] 3655    #进程号（ID）
[cyh@localhost shiyan1]$ #!/bin/bash
z=3
cat ne.txt > z
while read z
do
echo "the number is ${z} "
done

^C      #按Ctrl+c结束，不好用
[1]+  Done                    cat cdx.sh
[cyh@localhost shiyan1]$ nohup bash cdx.sh &  #加一个nohup
[1] 3695
[cyh@localhost shiyan1]$ nohup: ignoring input and appending output to ‘nohup.out’   #它说日志文件输出在‘nohup.out’中
                      #这里按一个回车
[1]+  Done                    nohup bash cdx.sh
[cyh@localhost shiyan1]$ ll  #我们查看一下是否有‘nohup.out’文件
total 20
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh  80 Aug 17 05:14 cdx.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh  80 Aug 17 21:45 ne.txt
-rw-------. 1 cyh cyh 137 Aug 17 21:55 nohup.out   #在这里
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh  20 Aug 17 04:52 sample.txt
drwxrwxr-x. 3 cyh cyh  21 Jul 29 09:59 shiyan_feikng
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh  80 Aug 17 21:55 z
[cyh@localhost shiyan1]$ cat nohup.out  #查看以下内容
#!/bin/bash
z=3
cat ne.txt > z
while read z
do
echo "the number is ${z} "
done

cdx.sh: line 4: read: read error: 0: Bad file descriptor
[cyh@localhost shiyan1]$ #总结：不好用

到这里，我一般会重定向与**&** 搭配使用，在这里举一个转录组序列比对的例子：

脚本内容：

#!/bin/bash
#maker:YongHongChen
#date:2023-04-24
#This script used to match sequence by hisat2
#the "GRCh38_index" is index file which contain "*.1.ht2" "*2.ht2" ... "*.8.ht2"
#" -p 3 " is thread
#" -1 " input one file;" -2 " input second file;their are can use .fa.gz/.fq format,their were all trimed
#" -S " is a output option that it will generate .sam format file
# Attention: the sam file is so big,if you input 1G .fq file,it will generate about 10G result
a=1
b=2
echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S") #This command is uesd to generate the current time
for i in {1,2,3}
do
  echo "ly${i}_${a} and ly${i}_${b} are begin"
  hisat2 -p 3 /home/cyh/Desktop/hugene_dir/GRCh38_index -1 /home/cyh/rna_seq1/trimmomatic_ed1/ly${i}_${a}_paired.fq.gz -2 /home/cyh/rna_seq1/trimmomatic_ed1/ly${i}_${b}_paired.fq.gz -S /home/cyh/rna_seq1/hisat2_ed1/ly${i}_mached.sam
  echo "ly${i}_${a} and ly${i}_${b} are finish"
  echo "NT${i}_${a} and NT${i}_${b} are begin"
  hisat2 -p 3 /home/cyh/Desktop/hugene_dir/GRCh38_index -1 /home/cyh/rna_seq1/trimmomatic_ed1/NT${i}_${a}_paired.fq.gz -2 /home/cyh/rna_seq1/trimmomatic_ed1/NT${i}_${b}_paired.fq.gz -S /home/cyh/rna_seq1/hisat2_ed1/NT${i}_mached.sam
  echo "NT${i}_${a} and NT${i}_${b} are finish"
done
echo "All complete"
echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S")

执行脚本：

[cyh@localhost shiyan1]$ nuhup bash hisat2.sh >hisat2.txt 2>&1

将所有信息全部输入hisat2.txt文件，包括总端输出信息以及错误信息。

管道符

管道符 | ，可以把一系列命令连接起来，把前一个命令的输出结果作为输入输给后面的一个命令，一个接一个。如果你接触过 R 语言中的 %>% 就非常号理解。

用法举例：

[cyh@localhost shiyan1]$ cd /home/cyh/Desktop #更改当前目录
[cyh@localhost Desktop]$ ll #查看当前目录
total 218464
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh          0 Jul 11 12:07 first_file.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh   28788565 Jun 13 04:00 gen2go.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh  194901303 Jun 13 03:58 gene2go
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh        124 Jul 29 10:53 log2.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh        985 Jul  6 09:38 log2.txt
-rw-r--r--. 1 root root       236 Jul  5 23:12 log.txt
drwxrwxr-x. 3 cyh  cyh        123 Aug 17 22:54 shiyan1
drwxrwxr-x. 2 cyh  cyh        246 Jul 13 01:11 shiyan5
[cyh@localhost Desktop]$ cat gen2go.txt | more #使用管道符，将文件的内容more一下
9606    1       GO:0003674      ND      enables molecular_function      -       Function
9606    1       GO:0005576      HDA     located_in      extracellular region    27068509 Component
9606    1       GO:0005576      IDA     located_in      extracellular region    3458201 Co
mponent
9606    1       GO:0005576      TAS     located_in      extracellular region    -       Co
mponent
9606    1       GO:0005615      HDA     located_in      extracellular space     16502470 Component
9606    1       GO:0005886      IBA     is_active_in    plasma membrane 21873635        Co
mponent
9606    1       GO:0008150      ND      involved_in     biological_process      -       Pr
ocess
9606    1       GO:0031093      TAS     located_in      platelet alpha granule lumen    -Component
9606    1       GO:0034774      TAS     located_in      secretory granule lumen -       Co
mponent
9606    1       GO:0062023      HDA     located_in      collagen-containing extracellular
matrix  27559042        Component
--More

脚本内容举例：（不要在乎是否看懂）脚本将序列比对软件（hisat2 ）生成的结果 sam 文件给 samtools 排序并转换为 bam 文件。

#!/bin/bash
#maker:YongHongChen
#date:2023-04-24
a=1
b=2
echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S") #This command is uesd to generate the current time
for i in {1,2,3}
do
  echo "ly${i}_${a} and ly${i}_${b} are begin"
  hisat2 -p 3 /home/cyh/Desktop/hugene_dir/GRCh38_index -1 /home/cyh/rna_seq1/trimmomatic_ed1/ly${i}_${a}_paired.fq.gz -2 /home/cyh/rna_seq1/trimmomatic_ed1/ly${i}_${b}_paired.fq.gz -S | samtools sort -@ 20 -o /home/chyh/rna_seq1/samtools_result/ly${i}.bam /home/cyh/rna_seq1/hisat2_ed1/ly${i}_mached.sam
  echo "ly${i}_${a} and ly${i}_${b} are finish"
done
echo "All complete"
echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S")

Linux编写脚本

在这之前，我举例过几个脚本的例子，UU们可能疑惑不知怎么写，那么接下来，我们看看脚本编写，这里我们只用 bash ，不用perl 举例。对 perl 感兴趣的去看其他大佬的文章。

在运行脚本前，我们得又一个脚本文件（这里以**.sh** 文件举例）。

1、创建脚本文件

你可以先创建文件再编写

[cyh@localhost shiyan1]$ touch frist_script.sh  #先创建脚本
[cyh@localhost shiyan1]$ ll   #查看一下是否创建成功
total 0
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh  0 Aug 17 23:16 frist_script.sh
drwxrwxr-x. 3 cyh cyh 21 Jul 29 09:59 shiyan_feikng
[cyh@localhost shiyan1]$ vim frist_script.sh  #编写脚本

直接使用vim ,如果没有文件会自动创建（推荐）

vim frist_script.sh  #创建并编写脚本

2、编写脚本与文本编辑操作一样，直接参考前面得，这里不加以描述。

3、编写内容

首行内容

如果你编写得是 .sh 的文件，那么就由 bash 执行，如果是 .pl 文件，那么就由 perl 执行。第一行必须是编译方式的描述，并且格式固定

#!/bin/sh

或

#!/bin/bash

如果是 perl 的

#!/bin/perl  或 #!/usr/bin/perl  #perl解释器路径

其他内容写你需要的命令。

脚本举例：（for循环后面讲）

#!/bin/bash  #如何是bash的第一行必须为这个，或者可以写成 #！/bin/sh
#maker:YongHongChen   #创建者名 （非必须，有最好）
#date:2023-04-24       #创建时间（非必须，有最好）
a=1
b=2
echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S") #This command is uesd to generate the current time
for i in {1,2,3}
do
  echo "ly${i}_${a} and ly${i}_${b} are begin"
  hisat2 -p 3 /home/cyh/Desktop/hugene_dir/GRCh38_index -1 /home/cyh/rna_seq1/trimmomatic_ed1/ly${i}_${a}_paired.fq.gz -2 /home/cyh/rna_seq1/trimmomatic_ed1/ly${i}_${b}_paired.fq.gz -S | samtools sort -@ 20 -o /home/chyh/rna_seq1/samtools_result/ly${i}.bam /home/cyh/rna_seq1/hisat2_ed1/ly${i}_mached.sam
  echo "ly${i}_${a} and ly${i}_${b} are finish"
done
echo "All complete"
echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S")

非首行内容

非首行内容写你需要的命令。（注释除外，注释使用**#** 号）

上述脚本中含有变量 a 与 b ，后面再讲，如果学过 C或python ,那就很好理解了

4、执行脚本

bash frist_script.sh #bash 脚本文件
perl frist_script.pl #perl脚本

如果弹出没有权限执行，则给予权限

chmod u+x frist_script.sh  #设置可执行权限

注意：执行脚本本身就可以当作执行一条命令，所以脚本里面套一个脚本是可以的。

脚本进阶

编写脚本内容之前，我们需要了解一些基础知识。

一、变量

变量有环境变量与内部变量，环境变量可以理解为整个系统下的默认的变量，在整个系统下通用的变量，是在命令行定义的变更，举个例子：我在终端写 a=3 那么不在重启前，不改变数值前 a=3 。类似于C语言函数外的变量。

变量的定义注意事项（大多编程语言都是这样）

变量名称可以由字母、数字和下划线组成，但不能以数字开头。
在 Bash 中，变量的默认类型都是字符串型，如果要进行数值运算，则必须指定变量类型为数值型。
变量用等号连接值，等号左右两侧不能有空格。
变量的值如果有空格，需要使用单引号或双引号包括。
在变量的值中，可以使用“\”转义符。
如果需要增加变量的值，那么可以进行变量值的叠加。不过，变量需要用双引号包含“ $变量名 ” 或用$ {变量名}包含。
如果是把命令的结果作为变量值赋予变量，则需要使用反引号或$()包含命令。
环境变量名建议大写，便于区分。

参数变量	作用
$n	N 为数字，$0 代表命令本身，$1- $9 代表第一到第九个参数，十以上的参数需要用大括号包含，如$ {10}。
$*	这个变量代表命令行中所有的参数，$* 把所有的参数看成一个整体。
$@	这个变量也代表命令行中所有的参数，不过 $@ 把每个参数区分对待。
$#	这个变量代表命令行中所有参数的个数。

当我们定义了变量后，就需要取它的值，我们使用** $* * 取值，例如： * *$ a** 取变量a的值

* $* * 用法有 * *$ 、"$"、$0、 $1 、$ n、 $KaTeX parse error: Expected 'EOF', got '#' at position 1: #̲、$ @、$ 、 $? 、$ ()、、 $、$ {#}、 $[] 、$ -、 $! 、$ $ 等

上面常用的有 $,$ {},$[] ，用于取值。

$[] * * 中括号里写的是表达式， * *$ () 里写的是命令，$? 判断上一个命令是否运行成功。例如：

[cyh@localhost Desktop]$ echo $[5+6]
11
[cyh@localhost Desktop]$ echo $(seq 2 10)
2 3 4 5 6 7 8 9 10
[cyh@localhost Desktop]$ echo $?  #判断上一条命令是否执行成功，返回0表示成功
0
[cyh@localhost Desktop]$ lll
bash: lll: command not found...
[cyh@localhost Desktop]$ echo $?   #返回非0表示失败，返回值0-255，超出部分%256取余
127
[cyh@localhost Desktop]$

内部变量理解为局部变量，脚本中的变量，脚本中的变量不会影响终端中的变量，在C语言中全局变量不会受到局部变量影响。

[cyh@localhost shiyan1]$ a=0    #全局变量，我定义了一个变量a，它的值为0
[cyh@localhost shiyan1]$ echo $a  #我们可以使用echo输出值
0
[cyh@localhost shiyan1]$ cat frist_script.sh
#!/bin/bash
a=1         #脚本中的局部变量
a1=2        #定义变量a1
echo "a=$a"
echo "a1=$a1"   #输出变量a1的值，注意需要使用$符号取值
echo "a3=$a3"    #这个a3是没有定义的,所以预计会输出空值
[cyh@localhost shiyan1]$ bash frist_script.sh  #执行脚本
a=1
a1=2
a3=
[cyh@localhost shiyan1]$ echo $a  #执行脚本后全局变量值未改变
0
[cyh@localhost shiyan1]$ echo $a1  #找不到脚本局部变量值，没有被定义的变量为空

[cyh@localhost shiyan1]$

变量只要是赋予它值就一定会改变变量值吗？

不一定，只读变量就不可以随意改变值，只读变量只能查看，不能更改，那么要改变值，咋办？？只能重启。

[cyh@localhost Desktop]$ readonly a="tai ku la"  #设置只读变量
[cyh@localhost Desktop]$ echo $a   #输出a值
tai ku la
[cyh@localhost Desktop]$ a="na zheng shi tai ku la"  #更改a值，发现报错
-bash: a: readonly variable
[cyh@localhost Desktop]$

二、字符串

字符串就是一串字符，一个英文句子就是一个字符串，要输出字符串，我们需要用引号包起来。

[cyh@localhost shiyan1]$ echo "I like Linux"
I like Linux

字符串截取 expr substr

从某位置截取指定长度的字符

[cyh@localhost shiyan1]$ expr substr "I like linux" 2 7  #从第二个位置，截取长度为7的子字符,注意空格也占一个位置
 like l

字符串定位 expr index

在字符串中查找某元素，返回位置。

[cyh@localhost shiyan1]$ expr index "I like linux" ik   #在字符串中查找ik，返回的位置
4
[cyh@localhost shiyan1]$ expr index "I like linux" o  #若没有找到，返回0
0

字符串匹配 expr macth

两个字符串，后一个在前一个匹配。默认从起始位置匹配，没有匹配到就返回0值，匹配到就返回能匹配的字符个数

[cyh@localhost shiyan1]$ expr match "I like linux" " li"  
0
[cyh@localhost shiyan1]$ expr match "I like linux" "I li"
4
[cyh@localhost shiyan1]$ expr match "I like linux" "I lig"  #元素得一样，否者不能匹配
0

计算字符长度 expr length

返回长度数值，一个字符算一个，空格也算
```
[cyh@localhost shiyan1]$ expr length "I like linux"
12
```

三、函数

$变量名 表示取值。

分支选择结构

if 条件语句

说人话就是C语言中得 if 条件语句等

shell 脚本定义格式如下：

写法一：

if [ 条件表达式 ];then
	命令1
elif [ 条件表达式 ];then
	命令2
else
	命令3
fi                       #fi 是if反过来写

写法二：

if [ 条件表达式 ]
then
	命令1
elif [ 条件表达式 ]
then
	命令2
else
	命令3
fi

这是多条件分支。也有单个的。如果学过C语言，那就不难了。

if [ 条件表达式 ]
then
	命令1
fi

注意：if 后面有个空格，中括号里与条件表达式之间前后有空格，不然会报错。

到这里，UU们蠢蠢欲动了，但是有个问题？条件表达式些啥呢？

接下来我们看看条件表达式，很明显，就是一个式子。

字符串比较

这一部分，是用来比较字符与字符串的

=	比较两个字符是否相等
!=	比较两个字符是否不相等
< 或 >	比较两个字符串长度
-n	判断字符串长度是否大于0
-z	判断字符串长度是否等于0
…	…

用法举例：

[cyh@localhost shiyan1]$ vim frist_script.sh  #编写脚本
[cyh@localhost shiyan1]$ cat frist_script.sh  #看一下脚本内容
#!/bin/bash
a="I like linux"
b="I like linua"
c="like"
if [ a!=b ]
then
        echo "a=b"
elif [ a!=c ]
then
        echo "a!=c"
fi
if [ a>b ]
then
        echo "a>b"
fi
if [ -n a ]
then
        echo "a length > 0"
fi
[cyh@localhost shiyan1]$ bash frist_script.sh  #执行脚本
a=b
a>b
a length > 0
[cyh@localhost shiyan1]$

数值比较

这一部分是数值的比较

-eq	比较两个数是否相等
-ge	比较一个数是否大于或等于另一个数
-le	比较一个数是否小于或等于另一个数
-gt	比较一个数是否大于另一个数
-lt	比较一个数是否小于另一个数
-ne	比较两个数是否不相等
…	…

用法举例：

[cyh@localhost shiyan1]$ vim frist_script_number.sh  #编写脚本
[cyh@localhost shiyan1]$ cat frist_script_number.sh  #查看脚本内容
#!/bin/bash
a=1
b=2
c=1
d=3
if [ $a -eq $b ]    #判断等于 
then
        echo "a=b"
else
        echo "a!=b"
fi
if [ $d -gt $b ]   #判断大于
then
        echo "d>b"
else
        echo "d<b"
fi
if [ $d -lt $c ]   #判断小于
then
        echo "d<c"
else
        echo "d>c"
fi
if [ $a -ne $c ]   #判断不相等
then
        echo "a!=c"
else
        echo "a=c"
fi
[cyh@localhost shiyan1]$ bash frist_script_number.sh  #执行脚本
a!=b
d>b
d>c
a=c
[cyh@localhost shiyan1]$

文件属性判断

该部分用于判断文件属性

-d	确定文件是否为目录
-f	确定文件是否为普通文件
-e	确定文件是否存在
-r	确定是否对文件设置读许可
-w	确定是否对文件设置写许可
-x	确定是否对文件设置执行许可
-s	确定文件名是否具有大于零的长度
…	…

用法举例：

[cyh@localhost shiyan1]$ ll  #查看当前目录文件内容
total 8
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh   0 Aug 18 04:51 b
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 291 Aug 18 05:03 frist_script_number.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 193 Aug 18 04:51 frist_script.sh
drwxrwxr-x. 3 cyh cyh  21 Jul 29 09:59 shiyan_feikng
[cyh@localhost shiyan1]$ vim diff_file.sh   #创建编写脚本
[cyh@localhost shiyan1]$ cat diff_file.sh    #查看脚本内容
#!bin/bash
a="/home/cyh/Desktop/shiyan1/diff_file.sh"
b="/home/cyh/Desktop/shiyan1/file.txt"
if [ -d $a ]        #$a表示取a的值
then
        echo "$a is not a directory"
else
        echo "$a is a file"
fi
if [ -e $b ]
then
        echo "file.txt had exist"
else
        echo "file.txt not find"
fi
if [ -r $a ]
then
        echo "the diff_file.sh is readable"
else
        echo "the diff_file.sh is not readable"
fi
[cyh@localhost shiyan1]$ bash diff_file.sh   #执行脚本，并返回结果
/home/cyh/Desktop/shiyan1/diff_file.sh is a file
file.txt not find
the diff_file.sh is readable

逻辑操作符

逻辑操作符常见的主要有 && 、|| 、! ，就是或与非啦！这部分内容与C语言 中的类似。

在这之前，我们接触了单个**&** ，与单个**|** ，在这部分我们可以联系起来。

& 表示任务在后台执行

&& 表示前一条命令执行成功时，才执行后一条命令。

[cyh@localhost Desktop]$ ll  #查询目录内容
total 218464
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh          0 Jul 11 12:07 first_file.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh   28788565 Jun 13 04:00 gen2go.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh  194901303 Jun 13 03:58 gene2go
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh        124 Jul 29 10:53 log2.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh  cyh        985 Jul  6 09:38 log2.txt
-rw-r--r--. 1 root root       236 Jul  5 23:12 log.txt
drwxrwxr-x. 3 cyh  cyh        109 Aug 19 05:12 shiyan1
drwxrwxr-x. 2 cyh  cyh        246 Jul 13 01:11 shiyan5
[cyh@localhost Desktop]$ cat log2.sh && echo "good"  #查看已有的文件后输出good
#!/bin/bash
echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S")
for i in {1,2,3}
do
  echo "I like R "
done
echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S")
good
[cyh@localhost Desktop]$ cat log22.sh && echo "good"  #文件不存在，即无法执行echo
cat: log22.sh: No such file or directory
[cyh@localhost Desktop]$

| 表示管道，上一条命令的输出，作为下一条命令参数（输入）

[cyh@localhost ~]$ echo "I like linux" | wc -l
1

|| 表示上一条命令执行失败后，才执行下一条命令

[cyh@localhost Desktop]$ cat log22.sh || echo "good"  #执行失败后执行输出good
cat: log22.sh: No such file or directory
good

case 语句

该语句类似于C 语言中的switch 语句，case 只能判断一种条件。

格式如下：

case    $变量名    in
	“值1”)
		如果变量的值等于值1，则执行此程序1
		;;          #注意两个分号结尾一个语句
	… … … …
	*)
		如果变量的值都不是以上的值，则执行此程序
		;;
esac         #倒过来写结束程序

举例如下：

[cyh@localhost Desktop]$ vim case.sh  #编写脚本
[cyh@localhost Desktop]$ cat case.sh    #查看脚本
#!/bin/bash
read -p "please input number:" -t 30 number  #使用read 从键盘输入一个数给变量number
case $number in
        "20")
        echo "you input number is 20" ;;
        "30")
        echo "you input number is 30" ;;
        *)
        echo "you input number is other" ;;
esac
[cyh@localhost Desktop]$ bash case.sh  #执行脚本
please input number:30
you input number is 30
[cyh@localhost Desktop]$ bash case.sh  #输入数据50
please input number:50
you input number is other

分支语句还有许多，但大多不常用。

循环语句

for循环

与其他编程语言类似。

写法格式一：

for 变量 in 值1 值2 值3…
do
	语句
done

写法格式二：

#for ((变量赋值;测试条件表达式;迭代过程))
for ((i=1;i<=10;i++)) #该写法与C类似，但是注意有两个括号，括号里的数值只是举例，i为变量名
do
	语句
done

for ((i=1;i<=10;i++));do 语句;done  #如果这样写注意分号

写法三：

for 变量名 in {值1,值2,值3…}  #使用大括号将取值括起来，并用逗号隔开
do
	语句
done

举例：（脚本）

#!/bin/bash
#maker:YongHongChen
#date:2023-07-08
#This script used to match sequence by hisat2
#the "GRCh38_index" is index file which contain "*.1.ht2" "*2.ht2" ... "*.8.ht2"
#" -p 3 " is thread
#" -1 " input one file;" -2 " input second file;their are can use .fa.gz/.fq format,their were all trimed
#" -S " is a output option that it will generate .sam format file
# Attention: the sam file is so big,if you input 1G .fq file,it will generate about 10G result
a=1
b=2
echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S")  #打印当前时间
for i in {1,2,3}  #取值我使用括号括起，表示从括号里面取值
do
  echo "ly${i}_${a} and ly${i}_${b} are begin"
  hisat2 -p 20 --dta -x /home/chenyh/ly_NT_RNAseq/reference_GRCh38/GRCh38_index -1 /home/chenyh/ly_NT_RNAseq/fastp_result/ly${i}_${a}_trimmed.fq.gz -2 /home/chenyh/ly_NT_RNAseq/fastp_result/ly${i}_${b}_trimmed.fq.gz -S /home/chenyh/ly_NT_RNAseq/hisat2_result/ly${i}_mached.sam
  echo "ly${i}_${a} and ly${i}_${b} are finish"
done
echo "All complete"
echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S")

[cyh@localhost Desktop]$ vim for.sh
[cyh@localhost Desktop]$ cat for.sh
#!/bin/bash
sum=0
for ((i=0;i<=50;i++))
do
        sum=$(( $sum+$i ))
done
echo "the sum of 1+2+3+...+50=$sum"
[cyh@localhost Desktop]$ bash for.sh
the sum of 1+2+3+...+50=1275

while 循环

用法格式：

while [ 条件判断式 ]  #注意while后面有个空格，条件判断式两端有空格，否则报错
do
	语句
done

用法举例：

  #!/bin/bash
  i=1
  sum=0
  #如果变量i的值小于等于50，则执行循环
  while [ $i -le 100 ]
  do
  	sum=$(( $sum+$i ))
  	i=$(( $i+2 ))
  done
  echo "The sum of 1+2+3+…+50 is: $sum"

  [cyh@localhost Desktop]$ vim while.sh  #编写脚本
  [cyh@localhost Desktop]$ cat while.sh    #查看内容
  #!/bin/bash
  i=1
  sum=0
  #如果变量i的值小于等于50，则执行循环
  while [ $i -le 100 ]
  do
          sum=$(( $sum+$i ))
          i=$(( $i+2 ))
  done
  echo "The sum of 1+2+3+…+50 is: $sum"
  [cyh@localhost Desktop]$ bash while.sh  #执行脚本
  The sum of 1+2+3+…+50 is: 2500
  [cyh@localhost Desktop]$

循环语句还有多个，比如until 等。这里不一一举例。

循环控制命令

在循环过程中，会有不同的需求，例如，符合条件需要终止循环，以及退出本轮循环。

break :终止循环。

continue :退出本轮循环，继续下轮循环。

举例如下：

[cyh@localhost Desktop]$ vim while.sh  #编写脚本
[cyh@localhost Desktop]$ cat while.sh   #查看脚本
#!/bin/bash
i=1
sum=0
#如果变量i的值小于等于50，则执行循环
while [ $i -le 100 ]
do
        if [ $i -lt 45 ]
        then
                sum=$(( $sum+$i ))
                i=$(( $i+2 ))
                continue;   #退出本轮循环，后续语句不执行
                echo "$i < 45"
        fi
        echo "$i > 45"
        break;  #结束循环
done
echo "The sum of 1+2+3+…+45 is: $sum"
[cyh@localhost Desktop]$ bash while.sh  #执行脚本
45 > 45
The sum of 1+2+3+…+45 is: 484
[cyh@localhost Desktop]$

用户管理

Linux 有多个用户，主要类型如下：

超级用户（root）：它具有一切权限，只有进行系统维护(例如：建立用户等)或其他必要情形下才用超级用户登录，以避免系统出现安全问题。在root 用户下，在等待输入的命令行前面，最后一行是**#** ，普通用户是**$**
系统用户：是Linux系统正常工作所必需的内建的用户，主要是为了满足相应的系统进程对文件属主的要求而建立的，系统用户不能用来登录，例如： bin、daemon、 adm、 lp等用户。注意该用户没有home目录
普通用户：是为了让使用者能够使用Linux系统资源而建立的，我们的大多数用户属于此类。

在这部分有许多关于用户管理的相关命令，如下：

useradd 命令

功能：增加用户账号，但是要使用root 用户创建。

用法格式：useradd [选项] 用户名

主要参数：

-e (expire):使用“YYYY-MM-DD”的格式指定用户账号过期日期

-d (directory):该选项后面指定路劲参数，用于指定用户主目录路径

-G ：该选项后面需给出组群ID或组群名称参数，用于指定用户所属的附加组群

-g :该选项后面需给出组群ID或组群名称参数，用于指定用户所属的初始组群

-u :该参数用于指定用户UID，需在后面给出数字参数

-r :创建的用户为系统用户

举例：

useradd -u 1000 cyh  #添加普通用户，UID为100

useradd -r cyh   #添加系统用户

passwd 命令

功能：设置用户密码。(需要root账户)

格式：

passwd [选项] [用户]

部分选项：

-d (delete):删除用户账户密码，用户登入不需要密码

-l (lock):锁定用户账户

-u (unlock):解锁用户账号

-S (status):查看用户密码状态

用法举例：

[root@localhost cyh]# passwd -S cyh  #查看用户的密码状态
cyh PS 1969-12-30 0 99999 7 -1 (Password set, SHA512 crypt.)
[root@localhost cyh]# passwd cyh  #更改用户（cyh）密码
Changing password for user cyh.
New password:                          #输入密码的过程密码密码不会显示，不是你的键盘失灵
Retype new password:
passwd: all authentication tokens updated successfully.

id 命令

功能：查看用户账号UID,GID

格式：

id 用户名

用法举例：

[root@localhost cyh]# id cyh
uid=1000(cyh) gid=1000(cyh) groups=1000(cyh),10(wheel)

userdel 命令

功能：删除用户账户

格式：
```
userdel [选项] 用户名
```
参数：

-r ：删除用户的主目录和邮件文件内容

Linux安装软件

一、使用yum 安装软件。

我安装软件通常使用两种方式，然而Linux安装软件有多种方式，目前centos 可以使用yum 进行软件的安装与升级。但是，并不是所有软件yum 都含有，可以把yum 理解为手机应用商店。

yum（ Yellow dog Updater, Modified）是一个在 Fedora 和 RedHat 以及 SUSE 中的 Shell 前端软件包管理器。基于 RPM 包管理，能够从指定的服务器自动下载 RPM 包并且安装，可以自动处理依赖性关系，并且一次安装所有依赖的软件包，无须繁琐地一次次下载、安装。

yum 是基于rpm 的软件在线管理器，部分参数如下：

install [软件名列表] ：安装列表中的软件。
update [软件名列表]：更新列表中的软件包。（不另加任何参数情况下）
remove [软件名列表]：移除列表中的软件包。（删除/卸载软件）
list [软件名列表]：列出软件包的各种信息。
clean [软件名列表]：清除yum 缓存。另加参数all 删除所有缓存。

…

yum常用命令

列出所有可更新的软件清单命令：yum check-update
更新所有软件命令：yum update
仅安装指定的软件命令: yum install <package_name>
仅更新指定的软件命令：yum update <package_name>
列出所有可安裝的软件清单命令：yum list
删除软件包命令：yum remove <package_name>
查找软件包命令：**yum search **
清除缓存命令:
- yum clean packages: 清除缓存目录下的软件包
- yum clean headers: 清除缓存目录下的 headers
- yum clean oldheaders: 清除缓存目录下旧的 headers
- yum clean, yum clean all (= yum clean packages; yum clean oldheaders) :清除缓存目录下的软件包及旧的 headers

我使用yum 安装软件的步骤。

我们需要的软件包不清楚yum 源中是否有，我可以查询一下，以samtools 软件为例：

下面例子中出现了该包的一些信息，但是没有显示可以安装，可能yum 源中没有。

[cyh@localhost Desktop]$ yum search samtools
Loaded plugins: fastestmirror, langpacks
Determining fastest mirrors
 * base: ftp.sjtu.edu.cn
 * centos-sclo-rh: ftp.sjtu.edu.cn
 * centos-sclo-sclo: ftp.sjtu.edu.cn
 * elrepo: dfw.mirror.rackspace.com
 * epel: ftp.cse.buffalo.edu
 * extras: ftp.sjtu.edu.cn
 * updates: ftp.sjtu.edu.cn
ius                                                                               209/209
================================= N/S matched: samtools ==================================
samtools.x86_64 : Tools for nucleotide sequence alignments in the SAM format

  Name and summary matches only, use "search all" for everything.
[cyh@localhost Desktop]$

对于yum 源中有的软件包，只需要使用install 安装。（需要使用管理员账户）

[root@localhost Desktop]# yum install gcc  #
Loaded plugins: fastestmirror, langpacks
Loading mirror speeds from cached hostfile
Could not get metalink https://mirrors.fedoraproject.org/metalink?repo=epel-7&arch=x86_64 error was
14: curl#6 - "Could not resolve host: mirrors.fedoraproject.org; Unknown error"
 * base: mirrors.bfsu.edu.cn
 * centos-sclo-rh: mirrors.bfsu.edu.cn
 * centos-sclo-sclo: mirrors.bfsu.edu.cn
 * elrepo: mirror-hk.koddos.net
 * epel: dfw.mirror.rackspace.com
 * extras: mirrors.bfsu.edu.cn
 * updates: mirrors.bfsu.edu.cn
http://mirrors.qlu.edu.cn/centos/7.9.2009/os/x86_64/repodata/repomd.xml: [Errno 14] curl#6 - "Could not resolve host: mirrors.qlu.edu.cn; Unknown error"
.
.
.
http://mirrors.bfsu.edu.cn/centos/7.9.2009/updates/x86_64/Packages/kernel-headers-3.10.0-1160.95.1.el7.x86_64.rpm: [Errno 14] curl#6 - "Could not resolve host: mirrors.bfsu.edu.cn; Unknown error"
Trying other mirror.


Error downloading packages:
  glibc-headers-2.17-326.el7_9.x86_64: [Errno 256] No more mirrors to try.
  kernel-headers-3.10.0-1160.95.1.el7.x86_64: [Errno 256] No more mirrors to try.
  glibc-devel-2.17-326.el7_9.x86_64: [Errno 256] No more mirrors to try.
  gcc-4.8.5-44.el7.x86_64: [Errno 256] No more mirrors to try.
  cpp-4.8.5-44.el7.x86_64: [Errno 256] No more mirrors to try.

对于使用yum ,可以另外装一些源，源可以理解为不同得应用商店。

这部分自行百度（没有空写了）。我安装得源有Remi 、EPEL 、php 等。
对于yum 源中没有的软件包，我们可以直接浏览器找到官网复制下载链接。 linux 下使用wget 命令下载（或其他）。后续直接解压（部分需要编译）

一：对于不需要编译的软件,以Hisat2 软件为例：

1、使用 **wget **下载 **Hista2 **安装包（该地址可能会变，仅供参考）
```
[root@localhost Desktop]# wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip
```
2、解压（压缩包为**.zip** 文件，使用unzip 解压）
```
[root@localhost Desktop]# unzip unzip /home/cyh/biosoft/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip
```
3、配置环境，将信息写入 ~/.bashrc 或者 /etc/profile
```
[root@localhost Desktop]# vim ~/.bashrc   #编辑该该文件
export PATH="/你的全路径/hisat2-2.1.0: $PATH"  #在~/.bashrc文件末尾输入这行内容，路径是你自己的
[root@localhost Desktop]# source ~/.bashrc  #重启文件，立即生效
```
二、对于需要编译的软件（以samtools 为例）
```
#安装依赖,该软件需要依赖
[root@localhost Desktop]# yum install bzip2-devel ncurses-libs ncurses-devel xz-devel zlib-devel  
[root@localhost Desktop]# wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.17/samtools-1.17.tar.bz2   #download packages
[root@localhost Desktop]# tar -jxvf samtools-1.17.tar.bz2  #解压
```
解压后，你会得到一个文件夹，文件名一般是软件名称带版本信息，例如：samtools-1.17

进入该文件，你会看到文件里面含有configure 的文件夹（与之同级的还有许多源代码文件），含有这个文件的一般都是需要编译的。

在于configure 同级目录里输入以下内容：（注意路径是你的路径，不是我的）
```
[root@localhost Desktop]# ./configure --prefix=/home/lh/biosoft/samtools-1.17 #进入samtools-1.17文件，注意路径是你的目录，需要全路径
```
然后依次执行下面语句，不会报错就不要管他，千万不要中断，让他跑，可能会要一点时间，取决你的电脑编译速度于软件大小。（注意：make命令你电脑得先有或者这个命令安装过了）
```
[root@localhost Desktop]# make  #编译
[root@localhost Desktop]# make install  #编译后安装
```
最后按上述方法配置好环境。

我的建议是，不能死磕yum ,有可能你需要的包没有或很难安装或者有各种各样的依赖。：在安装软件部分，最稳妥，最方便，最不会掉进坑的技巧是直接浏览器搜索某软件如何安装，例如：linux下samtools软件如何安装。有大量教程避免走弯路。

本文结束，如果您能看到这里，那么对于Linux，应该是比较熟悉了。但是，也许你会发现一个问题，本篇博客并不是Linux系统得全部内容，以上便是我总结得，常用得一些命令与知识点，里面有些知识解释得并不全面，如果，你感兴趣，可以自行探索。然后对于以上内容有问题，可以留言。文章来源地址https://www.toymoban.com/news/detail-714315.html

到了这里，关于Linux 基础入门（学习笔记通俗易懂版）的文章就介绍完了。如果您还想了解更多内容，请在右上角搜索TOY模板网以前的文章或继续浏览下面的相关文章，希望大家以后多多支持TOY模板网！