目录
1. 安装前的准备
2. 下载安装四个编译工具
3. 下载FFTW、MPICH和LAMMPS安装包
4. 安装FFTW和MPICH
5. 安装LAMMPS
6. 测试软件并设置路径
1. 安装前的准备
前文《VMware虚拟机Ubuntu系统安装教程》已分享如何安装虚拟机及Linux系统,本文将在此基础上安装LAMMPS软件。具体流程可分为以下步骤:
- 安装必要的四个编译工具(用于将软件编译为计算机可识别的执行程序)
- 安装FFTW(用于傅里叶变换的数学程序集)和MPICH(用于并行计算的程序集)
- 安装LAMMPS软件
2. 下载并安装四个编译工具
sudo su #进入管理员模式,需输入密码并回车确认
apt-get install gcc #安装gcc编译器
apt-get install g++ #安装g++编译器
apt-get install gfortran #安装gfortran编译器
apt-get install make #安装make编译器
3. 下载FFTW、MPICH和LAMMPS安装包
为避免在线安装失败,个人建议是先下载三个软件的安装包,然后传输到Linux系统中离线安装。
- FFTW下载地址:http://www.fftw.org/download.html
- MPICH下载地址:https://www.mpich.org/downloads/
- LAMMPS下载地址:https://www.lammps.org/download.html
个人建议将下载的FFTW、MPICH和LAMMPS压缩包放在同一个“lammps”文件夹中解压安装,方便管理。以笔者为例,三个安装包分别名为“fftw-3.3.10.tar.gz”、“mpich-4.1.2.tar.gz”和“lammps-stable.tar.gz”,均存放在“/home/lc/software/lammps”(=“~/software/lammps”)路径中。解压三个压缩包的指令为:
tar -zxvf fftw-3.3.10.tar.gz
tar -zxvf mpich-4.1.2.tar.gz
tar -zxvf lammps-stable.tar.gz
解压后,“lammps”文件夹里多出“fftw-3.3.10”、“mpich-4.1.2”和“lammps-23Jun2022”三个文件夹。
4. 安装FFTW和MPICH
LAMMPS软件默认的FFTW和MPICH调用路径均为“/usr/local”(可通过打开“~/software/lammps/lammps-23Jun2022/src/MAKE/OPTIONS”路径下的“Makefile.fftw”文件和“Makefile.g++_mpich_link”文件查看,前者的FFT_INC、FFT_PATH和后者的MPI_INC、MPI_PATH均包含“/usr/local”字段)。因此,为了后续编译LAMMPS方便,将FFTW和MPI均安装到此路径下。
(1) 安装FFTW:
cd ~/software/lammps/fftw-3.3.10 #进入“fftw-3.3.10”文件夹
./configure --prefix=/usr/local --enable-float #配置FFTW安装路径
sudo make #编译FFTW源文件
sudo make install #将编译好的FFTW程序安装至系统中
(2) 安装MPICH:
cd ~/software/lammps/mpich-4.1.2 #进入“mpich-4.1.2”文件夹
./configure --prefix=/usr/local #配置MPICH安装路径
sudo make #编译MPICH源文件
sudo make install #将编译好的MPICH程序安装至系统中
其中,“./configure”指令用于执行当前目录下的“configure”脚本,并生成“Makefile”文件,该文件规定了编译器类型和参数等信息。随后用“make”指令根据“Makefile”文件进行编译。
5. 安装LAMMPS
在编译LAMMPS软件之前,可先查看各个功能模块的依赖包状态:
cd ~/software/lammps/lammps-23Jun2022/src #进入安装文件夹
make package-status #查看依赖包状态
此时会发现各个模块均为“NO”的状态,要安装其中某些模块,需要将其设置为“YES”,指令为:
make yes-MANYBODY
make yes-KSPACE
make yes-MOLECULE
make yes-MISC #准备安装MANYBODY等四个模块
然后编译并行计算版本的可执行程序(串行计算几乎没有使用场景,因此没必要编译):
sudo make mpi #编译“并行计算”的可执行程序
如果编译成功,会生成名为“lmp_mpi”的可执行程序文件。
未来如果想安装其他模块,可再次进入该文件夹,将所需模块的依赖包可用性设置为“YES”,然后重新编译一下该程序即可。
6. 测试软件并设置路径
编译结束后,可进入测试文件夹,测试软件是否安装配置成功:
cd ~/software/lammps/lammps-23Jun2022/examples/deposit #进入测试文件夹
/usr/local/bin/mpirun -n 2 ~/software/lammps/lammps-23Jun2022Mar/src/lmp_mpi < in.deposit.atom #运行程序,计算测试案例
如果没有问题,可将程序路径写入终端的设置中,这样以后调用程序,就不需要再输入这么一大串文本。这一步网上的教程均使用vi或vim程序编辑文件,对于不熟悉Linux的新手而言比较麻烦。其实这里可以通过Xftp程序和记事本进行编辑。首先,设置Xftp显示隐藏文件夹,进入“/home/lc”(=“~”)路径;然后用记事本打开“.bashrc”文件,在文档最后粘贴以下内容,并保存即可(注意要修改成自己的文件夹路径,并且不要改动其他内容):
# lammps
export PATH=/usr/local/bin:/usr/local/lib:/usr/local/include:/home/lc/software/lammps/lammps-23Jun2022/src:$PATH
# lammps end
可通过“source ~/.bashrc”指令重新加载该文件,使该内容生效。也可以直接关闭终端,下次再开启终端(ctrl+alt+T)时会自动加载这部分内容。
改动之后,可再测试一下是否设置成功:文章来源:https://www.toymoban.com/news/detail-719695.html
cd ~/software/lammps/lammps-23Jun2022/examples/deposit
mpirun -n 2 lmp_mpi < in.deposit.atom
如果成功,则表明设置无误。文章来源地址https://www.toymoban.com/news/detail-719695.html
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