R语言进行孟德尔随机化+meta分析(1)---meta分析基础

这篇具有很好参考价值的文章主要介绍了R语言进行孟德尔随机化+meta分析(1)---meta分析基础。希望对大家有所帮助。如果存在错误或未考虑完全的地方,请大家不吝赐教,您也可以点击"举报违法"按钮提交疑问。

目前不少文章用到了孟德尔随机化+meta分析,今天咱们也来介绍一下,孟德尔随机化+meta其实主要就是meta分析的过程,提取了孟德尔随机化文章的结果,实质上就是个meta分析,不过多个孟德尔随机化随机化的结果合并更加加强了结果的可靠性。有部分人可能对meta分析不是很了解,咱们今天先来介绍一下meta分析基础,为下一讲孟德尔随机化+meta分析做准备。
R语言进行孟德尔随机化+meta分析(1)---meta分析基础,R语言,孟德尔随机化,r语言,开发语言
R语言进行进行meta分析咱们就做最基本的部分就行,不必搞得太复杂。咱们先导入数据和R包。很多R包都能做,咱们随便选个meta包就可以了。

library(meta)
bc<-read.csv("E:/r/test/senlintu1.csv",sep=',',header=TRUE)
names(bc)

R语言进行孟德尔随机化+meta分析(1)---meta分析基础,R语言,孟德尔随机化,r语言,开发语言
这是一个很简单的数据,stud表示研究名称,a为实验组阳性人数,b为实验组总人数,c为对照组阳性人数,d为对照组总人数(公众号回复:森林图数据1,可以获得数据)。
咱们先来看下函数格式event.e就是实验组阳性人数,n.e,实验组总人数,event.c对照组阳性人数,n.c对照组总人数,data就是你的数据,studlab填入其他的项目,method这里选"Inverse"倒方差的方法就可以了,sm这里填入结果类型,如果你需要的是OR的结果就填入OR

metabin(event.e, n.e, event.c, n.c, data,studlab = paste(), sm, method = "Inverse")

先生成meta分析结果,就按顺序把结果填进去就可以了

out<-metabin(event.e=a, n.e=b,event.c=c,n.c=d,data=bc,sm="OR",studlab = paste(study),
        method = "Inverse")

直接填进去也是可以的,这样方便点

out<-metabin(a,b,c,d,data=bc,sm="OR",studlab = paste(study),
             method = "Inverse")

解析结果

summary(out)

R语言进行孟德尔随机化+meta分析(1)---meta分析基础,R语言,孟德尔随机化,r语言,开发语言
我简单解析一下,这类教程网络多得是,可以百度一下。先看异质性,如果有异质性应需用随机效应模型,否则可选用固定效应模型。我们这里选择随机效应模型。
我这里异质性I89.9%挺大的,我们可以使用剔除法来观察剔除单个观察后的异质性,我这里随便举例,假如我剔除第一个
先加个ID

bc$id<-1:13

R语言进行孟德尔随机化+meta分析(1)---meta分析基础,R语言,孟德尔随机化,r语言,开发语言
删除第一项我们可以使用亚组函数subset来控制,使得subset=id>2就可以了

out<-metabin(a,b,c,d,data=bc,sm="OR",studlab = paste(study),
             method = "Inverse",common=F,subset=id>2)
summary(out)

R语言进行孟德尔随机化+meta分析(1)---meta分析基础,R语言,孟德尔随机化,r语言,开发语言
可以看到异质性较前下降了一点,接下来就可以绘制森林图了

out<-metabin(a,b,c,d,data=bc,sm="OR",studlab = paste(study),
             method = "Inverse",common=F)

forest(out)

R语言进行孟德尔随机化+meta分析(1)---meta分析基础,R语言,孟德尔随机化,r语言,开发语言
所有结果都可以在图上找到,结果主要是看最后的综合结果,我这里的OR是2.09.接下来做偏倚检查,主要是漏斗图和Egger法
漏斗图,比较理想的漏斗图应该是散点对称分布

funnel(out)

R语言进行孟德尔随机化+meta分析(1)---meta分析基础,R语言,孟德尔随机化,r语言,开发语言
Egger法,P值大于0.05说明没有偏倚,还给出了参考文献

metabias(out,method.bias="Egger")

R语言进行孟德尔随机化+meta分析(1)---meta分析基础,R语言,孟德尔随机化,r语言,开发语言
这里还有一个peters法,参考文献是篇JAMA的文章,应该也是蛮靠谱的

metabias(out,method.bias="peters")

R语言进行孟德尔随机化+meta分析(1)---meta分析基础,R语言,孟德尔随机化,r语言,开发语言
这里简单的介绍了一下meta分析的操作,肯定没有别人专门将meta分析的详细,如果想进行孟德尔随机化+meta分析最好去补一补meta分析的知识。文章来源地址https://www.toymoban.com/news/detail-730663.html

到了这里,关于R语言进行孟德尔随机化+meta分析(1)---meta分析基础的文章就介绍完了。如果您还想了解更多内容,请在右上角搜索TOY模板网以前的文章或继续浏览下面的相关文章,希望大家以后多多支持TOY模板网!

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处: 如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请点击违法举报进行投诉反馈,一经查实,立即删除!

领支付宝红包 赞助服务器费用

相关文章

  • 全代码分享|R语言孟德尔随机化怎么做?TwoSampleMR包MR一套标准流程

    孟德尔随机化( Mendelian randomization ,MR)是一种利用基因变异作为工具变量来评估暴露与结果之间因果关系的统计方法。 它基于这样的原理:基因变异是在出生前就随机分配给个体的,类似于在随机对照试验中随机分配治疗,因此可以帮助区分因果关系和简单相关性。孟德尔随

    2024年03月26日
    浏览(35)
  • 【R包安装】TwoSampleMR 两样本孟德尔随机化

    根据报错,依次安装依赖包,不能直接在R中安装的包(可能是因为版本不对)可以用conda安装。 安装好依赖包以后就能成功安装TwoSampleMR包了 library以后显示上面的信息就说明安装成功了

    2024年02月11日
    浏览(45)
  • R语言Meta分析核心技术

    ​ 编辑切换为居中 添加图片注释,不超过 140 字(可选) Meta分析是针对某一科研问题,根据明确的搜索策略、选择筛选文献标准、采用严格的评价方法,对来源不同的研究成果进行收集、合并及定量统计分析的方法,最早出现于“循证医学”,现已广泛应用于农林生态,资

    2024年02月10日
    浏览(31)
  • R语言实现网状Meta分析(1)

               

    2024年02月11日
    浏览(34)
  • 基于R语言的Meta分析【全流程、不确定性分析】方法与Meta机器学习高级应用

    查看原文 【案例教程】基于R语言的Meta分析【全流程、不确定性分析】方法与Meta机器学习高级应用 Meta分析 是针对某一科研问题,根据明确的搜索策略、选择筛选文献标准、采用严格的评价方法,对来源不同的研究成果进行收集、合并及定量统计分析的方法,最早出现于“循

    2024年02月07日
    浏览(60)
  • 全流程R语言Meta分析核心技术

    Meta分析 是针对某一科研问题,根据明确的搜索策略、选择筛选文献标准、采用严格的评价方法,对来源不同的研究成果进行收集、合并及定量统计分析的方法,最早出现于“循证医学”,现已广泛应用于 农林生态,资源环境等方面 。R语言拥有完整有效的数据处理、统计分

    2024年02月11日
    浏览(34)
  • 全流程R语言Meta分析核心技术高阶应用

    查看原文全流程R语言Meta分析核心技术高阶应用 目录 专题一、Meta分析的选题与检索 专题二、Meta分析与R语言数据清洗及统计方法 专题三、R语言Meta分析与作图 专题四、R语言Meta回归分析 专题五、R语言Meta诊断分析 专题六、R语言Meta分析的不确定性 专题七、机器学习在Meta分析

    2024年02月11日
    浏览(57)
  • 全流程R语言Meta分析核心技术教程

    详情点击链接:全流程R语言Meta分析核心技术教程 一, Meta分析的选题与检索 1、Meta分析的选题与文献检索 1)什么是Meta分析? 2)Meta分析的选题策略 3)精确检索策略,如何检索全、检索准 4)文献的管理与清洗,如何制定文献纳入排除标准 5)文献数据获取技巧,研究课题探索及科

    2024年02月11日
    浏览(41)
  • Meta分析的选题与文献计量分析CiteSpace应用丨R语言Meta分析【数据清洗、精美作图、回归分析、诊断分析、不确定性及贝叶斯应用】

    目录 ​专题一、Meta分析的选题与文献计量分析CiteSpace应用 专题二、Meta分析与R语言数据清洗及相关应用 专题三、R语言Meta分析与精美作图 专题四、R语言Meta回归分析 专题五、R语言Meta诊断分析与进阶 专题六、R语言Meta分析的不确定性及贝叶斯应用 专题七、深度拓展机器学习

    2024年02月15日
    浏览(50)
  • 基于R语言Meta分析与【文献计量分析、贝叶斯、机器学习等】多技术融合方法与应用

     Meta分析是针对某一科研问题,根据明确的搜索策略、选择筛选文献标准、采用严格的评价方法,对来源不同的研究成果进行收集、合并及定量统计分析的方法,最早出现于“循证医学”,现已广泛应用于农林生态,资源环境等方面。R语言拥有完整有效的数据处理、统计分析

    2024年02月16日
    浏览(38)

觉得文章有用就打赏一下文章作者

支付宝扫一扫打赏

博客赞助

微信扫一扫打赏

请作者喝杯咖啡吧~博客赞助

支付宝扫一扫领取红包,优惠每天领

二维码1

领取红包

二维码2

领红包