专栏十:10X单细胞的聚类树绘图

这篇具有很好参考价值的文章主要介绍了专栏十:10X单细胞的聚类树绘图。希望对大家有所帮助。如果存在错误或未考虑完全的地方,请大家不吝赐教,您也可以点击"举报违法"按钮提交疑问。

经常在文章中看到对细胞群进行聚类,以证明两个cluster之间的相关性,这里总结两种绘制这种图的方式和代码,当然我觉得这些五颜六色的颜色可能是后期加的,本帖子只总结画树状图的方法

例一

文章Single-cell analyses implicate ascites in remodeling the ecosystems of primary and metastatic tumors in ovarian cancer

1.图1

专栏十:10X单细胞的聚类树绘图,R语言单细胞空间转录组绘图代码,聚类,r语言,生物信息学

Hierarchical clustering comparing the similarity of myeloid cell clusters in our dataset (OC) with those reported in CRC and HCC. Clusters were colored by dataset. n = 3 tumor types were used for analysis

文中的描述是:As expected, both cDC1 and cDC2 from different cancer types or tissue sources were clustered together, indicating their conserved phenotypes.文章来源地址https://www.toymoban.com/news/detail-731851.html

2.图2

到了这里,关于专栏十:10X单细胞的聚类树绘图的文章就介绍完了。如果您还想了解更多内容,请在右上角搜索TOY模板网以前的文章或继续浏览下面的相关文章,希望大家以后多多支持TOY模板网!

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处: 如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请点击违法举报进行投诉反馈,一经查实,立即删除!

领支付宝红包 赞助服务器费用

相关文章

  • 基于GPT构建单细胞多组学基础模型

    生成式预训练模型在自然语言处理和计算机视觉等各个领域取得了显著的成功。特别是将大规模多样化的数据集与预训练的Transformer相结合,已经成为开发基础模型的一种有前途的方法。文本由单词组成,细胞可以通过基因进行表征。这种类比启发作者探索细胞和基因生物学

    2024年02月13日
    浏览(50)
  • 单细胞测序并不一定需要harmony去除批次效应

    大家好,今天 我们分享的是单细胞的学习教程https://www.singlecellworkshop.com/analysis-tutorial.html  教程的作者使用了四个样本,但是没有使用harmony或者其他方法去整合 去除批次效应。 主要内容: SCTransform流程代码 及结果 harmony流程代码及结果 seurat单样本标准流程代码 及结果 三种

    2024年02月03日
    浏览(37)
  • 单细胞分析(五)——使用Harmony进行数据整合和去批次

    进行样本去批次(batch correction)是单细胞RNA测序数据分析的重要步骤之一。 技术噪声和批次效应: 单细胞RNA测序数据通常具有高度异质性,且在采样、实验操作、反应条件等多个环节中可能引入技术噪声和批次效应。这些因素会对测序数据质量产生影响,从而使得不同批次

    2024年02月08日
    浏览(113)
  • Seurat | 强烈建议收藏的单细胞分析标准流程(基础质控与过滤)(一)

    作为现在 最火 的 scRNAseq 分析包, Seurat 当之无愧。😘 本期开始我们介绍一下 Seurat 包的用法,先从 基础质控 和 过滤 开始吧。🥳 3.1 读取10X文件 这里我们提供一个转成 gene symbols 的可读文件,如果大家拿到的是 Ensemble ID ,可以用之前介绍的方法进行转换。 3.2 创建Seurat对象

    2024年02月08日
    浏览(59)
  • 易基因:单细胞DNA甲基化与转录组分析揭示猪生发泡卵母细胞成熟的关键调控机制|项目文章

    大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 在哺乳动物中,窦卵泡内的生发泡(germinal vesicle,GV) 卵母细胞可以保持数月或数年的静止状态。促黄体生成素(luteinizing hormone,LH)激增促进了减数分裂(meiosis)恢复,使卵母细胞获得受精后和早期胚胎发育

    2024年02月14日
    浏览(46)
  • 从单细胞数据分析的最佳实践看R与Python两个阵营的博弈

    R与Python,在生物信息学领域的博弈异常激烈。许多生信分析,两个阵营都发展出了自己的方法,比如单细胞数据分析,R有Seurat,Python就有Scanpy。这些层出不穷的方法不断地吸引着吃瓜群众的眼球,同时也让人患上了选择困难症。 到底谁优谁劣?一时竟难分高下。今天我们就

    2024年01月25日
    浏览(49)
  • 易基因:人类大脑的单细胞DNA甲基化和3D基因组结构|Science

    大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 高通通量表观基因组分析技术可用于阐明大脑中细胞复杂性的基因调控程序。5\\\'-甲基胞嘧啶 (5mCs)是哺乳动物基因组中最常见的修饰碱基,大多数5mCs发生在胞嘧啶-鸟嘌呤二核苷酸(CpGs)上。CG差异甲基化区

    2024年04月17日
    浏览(37)
  • 生信小白学单细胞转录组(sc-RNA)测序数据分析——R语言

    10X单细胞转录组理论上有3个文件才能被读入R进行seurat分析,分别是barcodes.tsv 、 genes.tsv和matrix.mtx,文件barcodes.tsv 和 genes.tsv,就是表达矩阵的行名和列名 genes.tsv文件(有时也叫features.tsv文件) 文件内容:有两列,第一列为基因ID,第二列为基因Symbol ID,区分 各个基因 。 b

    2024年02月04日
    浏览(63)
  • 【生物信息学】单细胞RNA测序数据分析:计算亲和力矩阵(基于距离、皮尔逊相关系数)及绘制热图(Heatmap)

      计算亲和力矩阵,一般按照以下步骤进行: 导入数据:加载单细胞RNA测序数据集。 数据预处理:根据需要对数据进行预处理,例如 基因过滤 、 归一化 等。 计算亲和力:使用合适的算法(例如, 欧几里德距离 、 Pearson相关系数 或其他距离/相似度度量)计算样本之间的

    2024年02月06日
    浏览(45)
  • 基于SPSS的聚类分析原理概述

    在声音样本数目比较多的情况下,直接进行成对比较法,工作量非常大,且评价者容易疲劳,在很大程度上影响评价结果的一致性和准确性。对于这种情况,采用聚类分析,从 30 个声音样本中选择有代表性的样本进行主观评价试验,大大降低了主观评价试验的工作量 1 。 [

    2024年02月06日
    浏览(42)

觉得文章有用就打赏一下文章作者

支付宝扫一扫打赏

博客赞助

微信扫一扫打赏

请作者喝杯咖啡吧~博客赞助

支付宝扫一扫领取红包,优惠每天领

二维码1

领取红包

二维码2

领红包