AlphaFold更新了!AlphaFold-latest

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AlphaFold又有重大更新了!AlphaFold-latest来了!

🔈:号外号外!Google DeepMind联合Isomorphic Labs在2023年10月31日发布了新一代的AlphaFold(AlphaFold-latest)。

AlphaFold-latest显着提高了准确性和覆盖范围,主要包括了抗体结合结构预测、蛋白质-核酸复合物结构预测、小分子-蛋白结构预测和蛋白质残基的修饰结构预测等方面的重大更新,为加速生物医药研究开辟了全新的可能性。
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但也仅此而已,目前还没有发布模型、论文或代码。

1. 预测抗体结合结构

AlphaFold-latest改进了AlphaFold 2.3版本(2022 年末的更新,已经是一个非常强大的基准!),用于蛋白质-蛋白质结构预测,特别是在结合抗体方面,相较于上一个版本优化更新了准确性。

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2. 预测蛋白质-核酸复合物结构

“蛋白质-核酸”复合物是生命体中相当重要的系统,例如核糖体。对于“蛋白质-DNA”这样的体系,AlphaFold-latest优于RoseTTAFold预测模型。而对于“蛋白质-RNA”复合物的结构预测,差异似乎并不是很大。
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3. 预测小分子蛋白复合物结构

(我最期待的一部分,简直不给我们做分子对接的留活路,/(ㄒoㄒ)/~~)不过看起来又要颠覆药物研发了!

AlphaFold-latest为开发与蛋白质结合的小分子化合物提供了新的可能性。AlphaFold-latest在PoseBusters基准集的测试中优于AutoDock Vina等经典分子对接软件和DiffDock等深度学习算法的分子对接模型。
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在没有真实蛋白质坐标或任何结合口袋信息的情况下,AlphaFold-latest仅使用蛋白质序列和小分子结构信息,就可以预测小分子配体与蛋白的结合构象。从下图可以看出,小分子的预测构象与实验数据十分接近,简直太强大了!!!
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4. 预测蛋白质残基的修饰

最后,许多生物过程涉及蛋白质残基修饰,如翻译后修饰(Post-translational modification,PTM)。AlphaFold-latest可以预测生物分子中所见的一系列特征的结构,例如共价结合的配体、糖基化和修饰残基。

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总之,非常期待试用新版本的AlphaFold-latest,是骡子是马,拉出来遛遛!
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