学习GTEx数据库

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每个个体的不同的器官组织的基因(Gene)都是相同的,但为什么有的表型为肝脏组织,帮助人类代谢?有的是肌肉组织,帮助人类运动?其原因是,不同的人体组织表达的基因并不相同。

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(1)GTEx简介

访问链接:Genotype-Tissue Expression Project (GTEx) (genome.gov)

GTEx(Genotype-Tissue Expression,基因型-组织表达)项目,通过收集健康人体的不同组织样本,尝试了解人类不同组织/器官的特异性基因表达。该项目主要由美国NIH(国立卫生研究院)的公共基金计划连续资助了10年(2010-2019)。

GTEx项目的目的是研究人类不同组织的特异性基因表达和调节。GTEx 项目最终的数据库(第八版,V8),包括来自于838位生前健康的人类捐献者的DNA数据(包含Whole Genome Sequencing (WGS) 和 Whole Exome Sequencing (WES));17382份RNA-seq 数据,其来自于近1000个人类个体,涵盖54个不同组织器官部位(目前世界唯一能收集这么全的健康人体组织样本);以及2个来自捐献者血液和皮肤的细胞系。

注意:GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据

这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区别。另外的一个呢,就是和TCGA联合使用。由于TCGA重点收集的还是癌症组织的数据,对于其正常的数据收集的相对来说较少,由于正常样本少所以对于差异表达的结果可能就不是很准确。这个时候如果我们把GTEx的数据纳入进来,这样分析的结果就会准确一些了。

(2)数据下载站点

如果想要想在相关的数据的话,每个数据库都提供了自己的下载方式。另外,很多别的机构也都提供了这个数据的下载链接,这个还是很推荐使用UCSC XENA (https://xenabrowser.net/hub/)。这里汇总和目前常用的很多公共数据库的原始数据。

(3)V8数据总结

学习GTEx数据库,生物信息学,数据库,学习 组织类型(54):

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参考博客:GTEx数据库简介(1) - 知乎 (zhihu.com)

 TCGA、ICGC、GTEx 数据库都是啥? - 知乎 (zhihu.com)

GTEx:基因型和基因表达量关联数据库-CSDN博客文章来源地址https://www.toymoban.com/news/detail-742929.html

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