学习GTEx数据库

这篇具有很好参考价值的文章主要介绍了学习GTEx数据库。希望对大家有所帮助。如果存在错误或未考虑完全的地方,请大家不吝赐教,您也可以点击"举报违法"按钮提交疑问。

每个个体的不同的器官组织的基因(Gene)都是相同的,但为什么有的表型为肝脏组织,帮助人类代谢?有的是肌肉组织,帮助人类运动?其原因是,不同的人体组织表达的基因并不相同。

学习GTEx数据库,生物信息学,数据库,学习

(1)GTEx简介

访问链接:Genotype-Tissue Expression Project (GTEx) (genome.gov)

GTEx(Genotype-Tissue Expression,基因型-组织表达)项目,通过收集健康人体的不同组织样本,尝试了解人类不同组织/器官的特异性基因表达。该项目主要由美国NIH(国立卫生研究院)的公共基金计划连续资助了10年(2010-2019)。

GTEx项目的目的是研究人类不同组织的特异性基因表达和调节。GTEx 项目最终的数据库(第八版,V8),包括来自于838位生前健康的人类捐献者的DNA数据(包含Whole Genome Sequencing (WGS) 和 Whole Exome Sequencing (WES));17382份RNA-seq 数据,其来自于近1000个人类个体,涵盖54个不同组织器官部位(目前世界唯一能收集这么全的健康人体组织样本);以及2个来自捐献者血液和皮肤的细胞系。

注意:GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据

这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区别。另外的一个呢,就是和TCGA联合使用。由于TCGA重点收集的还是癌症组织的数据,对于其正常的数据收集的相对来说较少,由于正常样本少所以对于差异表达的结果可能就不是很准确。这个时候如果我们把GTEx的数据纳入进来,这样分析的结果就会准确一些了。

(2)数据下载站点

如果想要想在相关的数据的话,每个数据库都提供了自己的下载方式。另外,很多别的机构也都提供了这个数据的下载链接,这个还是很推荐使用UCSC XENA (https://xenabrowser.net/hub/)。这里汇总和目前常用的很多公共数据库的原始数据。

(3)V8数据总结

学习GTEx数据库,生物信息学,数据库,学习 组织类型(54):

学习GTEx数据库,生物信息学,数据库,学习


参考博客:GTEx数据库简介(1) - 知乎 (zhihu.com)

 TCGA、ICGC、GTEx 数据库都是啥? - 知乎 (zhihu.com)

GTEx:基因型和基因表达量关联数据库-CSDN博客文章来源地址https://www.toymoban.com/news/detail-742929.html

到了这里,关于学习GTEx数据库的文章就介绍完了。如果您还想了解更多内容,请在右上角搜索TOY模板网以前的文章或继续浏览下面的相关文章,希望大家以后多多支持TOY模板网!

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处: 如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请点击违法举报进行投诉反馈,一经查实,立即删除!

领支付宝红包 赞助服务器费用

相关文章

  • mssql数据库基本信息查询

    –查询数据库 select * from sys.sysdatabases where name not in (‘master’,‘tempdb’,‘model’,‘msdb’); –查询数据库中的表 select * from sysobjects where type=‘u’ ; – select * from sys.tables; –查询数据库中的对象类型 select distinct type from sysobjects; 共有以下类型 –查询某表对应的列信息 select *

    2023年04月09日
    浏览(78)
  • 学生信息数据库(stusys)的表结构和样本数据

    #(1)创建数据库stuexpm create database stuexpm; #(2)创建studentinfo表,显示studentinfo表的基本结构 #表4.9 use stuexpm; create table StudentInfo ( StudentID varchar(6) not null primary key comment\\\'学号\\\', Name varchar(8) not null comment\\\'姓名\\\', Sex varchar(2) not null default \\\'男\\\' comment\\\'性别\\\', Birthdar date not null comment\\\'出生

    2024年02月05日
    浏览(47)
  • SpringBoot从数据库读取数据数据源配置信息,动态切换数据源

            首先准备多个数据库,主库smiling-datasource,其它库test1、test2、test3         接下来,我们在主库smiling-datasource中,创建表databasesource,用于存储多数据源相关信息。表结构设计如下         创建好表之后,向表databasesource中存储test1、test2、test3三个数据库的相关配置

    2024年01月16日
    浏览(68)
  • JAVA学生信息管理系统(数据库实现)

    这次的项目是用数据库实现学生的信息管理系统,有三步组成,写项目链接数据库实现相关的操作 开发工具: eclipse、MySQL、navicat、mysql-connector-java-8.0.27     (1)主页面   (2)添加界面   (3)删除界面    (4)修改界面  (5)查找界面 (6)数据库链接   添加Java驱动包

    2024年02月11日
    浏览(46)
  • 【JAVA】MySQL数据库信息管理系统

    目录 前言 一、环境搭建 二、功能实现 1.商品信息类的创建 2.商品信息的查询 3.商品信息的添加 4.商品信息的修改 5.商品信息的删除 三、主类的调用 1.加载配置文件并获取数据库连接 2.界面的搭建 3.功能的选择 总结 JAVA实现的MySQL数据库信息管理系统 包含数据库的增删改查功

    2024年02月09日
    浏览(76)
  • Mysql查询数据库连接状态及连接信息

    使用MySQL时,需要了解当前数据库的情况,例如当前的数据库大小、字符集、用户等等。下面总结了一些查看数据库相关信息的命令 查看显示所有数据库 查看当前使用的数据库 查看数据库使用端口 查看当前数据库大小 例如,我要查看INVOICE数据库的大小,那么可以通过下面

    2024年02月11日
    浏览(57)
  • 【Oracle】收集Oracle数据库内存相关的信息

    【声明】文章仅供学习交流,观点代表个人,与任何公司无关。 编辑|SQL和数据库技术(ID:SQLplusDB) Oracle数据库包含多个内存区域,每个区域都包含多个子组件。 Oracle Database Memory Structures 根据具体问题的需要,可以通过如下命令收集Oracle数据库内存相关的信息。 例: 注:SET

    2024年01月21日
    浏览(71)
  • 学生信息管理系统的数据库设计MySQL

    1.课程设计目的 学生信息管理系统是一个教育单位不可缺少的部分。一个功能齐全、简单易用的信息管理系统不但能有效地减轻学校相关工作人员的工作负担,它的内容对于学校的决策者和管理者来说都至关重要。所以学生信息管理系统应该能够为用户提供充足的信息和快捷

    2024年02月05日
    浏览(54)
  • 如何卸载MySQL数据库以及删除所有有关信息

    目录 前言 第一步 卸载mysql程序  第二步 删除安装目录的mysql项目 第三步 删除MySQL的相关注册表 第四步 删除C盘下的 C:ProgramDataMySQL所有的文件 第五步 删除 C:Documents and SettingsAll UsersApplication DataMySQL 下的文件夹  第六步 重启电脑 尾语 你们是否想要删除MySQL数据库呢?如果

    2024年02月08日
    浏览(81)

觉得文章有用就打赏一下文章作者

支付宝扫一扫打赏

博客赞助

微信扫一扫打赏

请作者喝杯咖啡吧~博客赞助

支付宝扫一扫领取红包,优惠每天领

二维码1

领取红包

二维码2

领红包