【动态规划】最长公共子序列——算法设计与分析

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一、问题定义

1.1 子序列

子序列是给定序列中在任意位置去掉任意多个字符后得到的结果。例如:

给定序列 X X X

X : A B C B D A B X:ABCBDAB XABCBDAB

X X X的子序列:

X 1 : A B C B D A B X_1:ABCBDAB X1ABCBDAB

X 2 : A B C B X_2:ABCB X2ABCB

X 3 : A C B B X_3:ACBB X3ACBB


1.2 公共子序列

给定两个序列 X X X Y Y Y

X : A B C B D A B X:ABCBDAB XABCBDAB

Y : B D C A B A Y:BDCABA YBDCABA

公共子序列示例:

X 1 = Y 1 = C A X_1=Y_1=CA X1=Y1=CA

X 2 = Y 2 = A B A X_2=Y_2=ABA X2=Y2=ABA

X 3 = Y 3 = B C A B X_3=Y_3=BCAB X3=Y3=BCAB


1.3 问题形式化定义

最长公共子序列问题:

输入:

\quad 序列 X = < x 1 , x 2 , . . . , x n > X=<x_1,x_2,...,x_n> X=<x1,x2,...,xn>和序列 Y = < y 1 , y 2 , . . . , y m > Y=<y_1,y_2,...,y_m> Y=<y1,y2,...,ym>

输出:

\quad 求解一个公共子序列 Z = < z 1 , z 2 , . . . , z l > Z=<z_1,z_2,...,z_l> Z=<z1,z2,...,zl>

\quad \quad \quad 优化目标: m a x ∣ Z ∣ max|Z| maxZ

\quad \quad \quad 约束条件: < z 1 , z 2 , . . . , z l > = < x i 1 , x i 2 , . . . , x l 1 > = < y j 1 , y j 2 , . . . , y j l > <z_1,z_2,...,z_l>=<x_{i_1},x_{i_2},...,x_{l_1}>=<y_{j_1},y_{j_2},...,y _{j_l}> <z1,z2,...,zl>=<xi1,xi2,...,xl1>=<yj1,yj2,...,yjl>,其中 1 ≤ i 1 < i 2 < . . . < i l ≤ n ; 1 ≤ j 1 < j 2 < . . . < j l ≤ m 1\leq i_1< i_2<...<i_l\leq n;1\leq j_1<j_2<...<j_l\leq m 1i1<i2<...<iln1j1<j2<...<jlm



二、求解策略

给定两个序列 X X X Y Y Y

X : A B C B D A B X:ABCBDAB XABCBDAB

Y : B D C A B A Y:BDCABA YBDCABA

其最长公共子序列 Z = B D A B Z=BDAB Z=BDAB,观察可以发现,其后3位为长度为3的最长公共子序列,其后2位为长度为2的最长公共子序列,最后一位为长度为一的最长公共子序列。这便启示我们可能存在最优子结构和重叠子问题,可以采用动态规划进行求解。


2.1 分析问题结构

形式化给出问题表示:

  • C [ i , j ] C[i,j] C[i,j] X [ 1.. i ] X[1..i] X[1..i] Y [ 1.. j ] Y[1..j] Y[1..j]的最长公共子序列长度

明确原始问题:

  • C [ n , m ] C[n,m] C[n,m] X [ 1.. n ] X[1..n] X[1..n] Y [ 1.. m ] Y[1..m] Y[1..m]的最长公共子序列长度

2.2 建立递推关系

对于给定序列:

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对于末尾来说,有两种情况:

x i = y j x_i=y_j xi=yj

此时,
C [ i , j ] = m a x { C [ i − 1 , j − 1 ] + 1 ① C [ i − 1 , j ] ② C [ i , j − 1 ] ③ C[i,j]=max\left\{\begin{matrix} C[i-1,j-1]+1 & ①\\ C[i-1,j] & ②\\ C[i,j-1] &③ \end{matrix}\right. C[i,j]=max C[i1,j1]+1C[i1,j]C[i,j1]
但是, ① ≥ m a x { ②,③ } {①\ge max\left \{ ②,③ \right \} } max{},因此,
C [ i , j ] = C [ i − 1 , j − 1 ] + 1 C[i,j]=C[i-1,j-1]+1 C[i,j]=C[i1,j1]+1

x i ≠ y j x_i \ne y_j xi=yj

此时,
C [ i , j ] = m a x { C [ i − 1 , j ] ① C [ i , j − 1 ] ② C[i,j]=max\left\{\begin{matrix} C[i-1,j] & ①\\ C[i,j-1] & ② \end{matrix}\right. C[i,j]=max{C[i1,j]C[i,j1]
综上所述,得到递推关系式:
C [ i , j ] = { C [ i − 1 , j − 1 ] + 1 x i = y j m a x { C [ i − 1 , j ] , C [ i , j − 1 ] } x i ≠ y j C[i,j]=\left\{\begin{matrix} C[i-1,j-1]+1 & x_i=y_j\\ max\left\{ C[i-1,j],\\ C[i,j-1] \right\} & x_i\ne y_j\\ \end{matrix}\right. C[i,j]={C[i1,j1]+1max{C[i1,j],C[i,j1]}xi=yjxi=yj

2.3 自底向上计算

(1)初始化

当其中一段序列长度为0时,最长公共子序列长度为0,即: C [ i , 0 ] = C [ 0 , j ] = 0 C[i,0]=C[0,j]=0 C[i,0]=C[0,j]=0

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(2)依照递推公式计算

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2.4 追踪最优方案

构造追踪数组 r e c [ 1.. n ] rec[1..n] rec[1..n],用来记录子问题的来源:
r e c [ i , j ] = { L U i f C [ i , j ] = C [ i − 1 , j − 1 ] + 1 U i f C [ i , j ] = C [ i − 1 , j ] L i f C [ i , j ] = C [ i , j − 1 ] rec[i,j]=\left\{\begin{matrix} LU & if\quad C[i,j]=C[i-1,j-1]+1\\ U & if\quad C[i,j]=C[i-1,j]\\ L & if\quad C[i,j]=C[i,j-1] \end{matrix}\right. rec[i,j]= LUULifC[i,j]=C[i1,j1]+1ifC[i,j]=C[i1,j]ifC[i,j]=C[i,j1]
(使用 U U U代表来自上方, L L L代表来自左方, L U LU LU代表来自左上角)

当左值和上值相等时,任取其一即可。

从右下角开始追踪,如果其值为 L L L,则向左移动1格, U U U则向上移动一格, L U LU LU向左上角移动一格。当且仅当 r e c [ i , j ] = L U rec[i,j]=LU rec[i,j]=LU时, X [ i ] = Y [ j ] X[i]=Y[j] X[i]=Y[j]为最长公共子序列中的一个字符,记录下来。如此寻找,直至抵达 r e c rec rec数组的边界。


2.5 算法实例

给定序列 X X X Y Y Y

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初始化辅助数组:

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计算完毕:

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追踪最优方案:

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得到最长公共子序列 B C B A BCBA BCBA



三、算法分析

3.1 伪代码

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3.2 时间复杂度

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