一、使用gibhub安装包:install_github("mdbrown/DecisionCurve",force=TRUE) 失败
1.注意先
install.packages("devtools")
加载library("devtools") 才能用github安装。
2.安装包出现错误, 无法打开https 链接
Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet,
: 无法打开URL'https://api.github.com/repos/。。。
解决方法:更换镜像。 多换几个镜像试试,最后换了兰州镜像可以安装了。
(查阅了很多方法,使用BiocManager::install('githubinstall'),library(githubinstall),githubinstall("xx.Rpackage")安装, 到GitHub 上下载zip文件, 都无法安装成功。最后发现多换几个镜像成功了。)
二、安装 install_github("Displayr/flipPlots") 包错误
> install_github("Displayr/flipPlots")
>Error: Failed to install 'unknown package' from GitHub:
HTTP error 403.
API rate limit exceeded for 175.29.122.76. (But here's the good news: Authenticated requests get a higher rate limit. Check out the documentation for more details.)
Rate limit remaining: 0/60
Rate limit reset at: 2022-8-21 11:33:21 UTC
To increase your GitHub API rate limit
- Use `usethis::create_github_token()` to create a Personal Access Token.
- Use `usethis::edit_r_environ()` and add the token as `GITHUB_PAT`.
出现了API下载速率限制的问题,返回error 403,并要求使用github_token()取消api rate 的限制。这是因为github会扫描需要安装的依赖程序,如果数目超过他的api rate,github就会限制下载,解决办法是使用自己的token认证(相当于去github上认证一下,挂个号,然后给你安装)。
解决办法:制备github token
1. 命令行输入 create_github_token(),浏览器自动跳转到github网站,登录或注册。
2. 首先命名token,可以随意写,有效期也可以随意选。勾选repo,goken用于下载github上的代码仓库。
3. generate token。 记得拷贝token密码,关闭网页后就查不到了。但可以再申请一次。
4.打开R 输入
usethis::edit_r_environ()
在弹出的R编辑器输入
GITHUB_TOKEN="ghp_8lNL……"(自己的密码)
关闭编辑器。
5. 一定要关闭R软件,重新打开,不然环境变量加不进去。
重新打开后可以政策安装。
> library("devtools")
载入需要的程辑包:usethis
> install_github("Displayr/flipPlots")文章来源:https://www.toymoban.com/news/detail-781211.html
最后用 library("flipPlots") 验证一下,安装成功。文章来源地址https://www.toymoban.com/news/detail-781211.html
到了这里,关于R语言—从github上安装包失败解决办法(更换镜像,创建自己的token)的文章就介绍完了。如果您还想了解更多内容,请在右上角搜索TOY模板网以前的文章或继续浏览下面的相关文章,希望大家以后多多支持TOY模板网!