如何在linux系统中用conda安装R环境及R包

这篇具有很好参考价值的文章主要介绍了如何在linux系统中用conda安装R环境及R包。希望对大家有所帮助。如果存在错误或未考虑完全的地方,请大家不吝赐教,您也可以点击"举报违法"按钮提交疑问。

一、miniconda3的安装不再赘述

二、安装R环境

1. 提前准备好conda的R单独环境

conda env list #查看已有环境

conda create -n R4.1.2

conda activate R4.1.2

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2. 进入环境后,多添加一些conda channel

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --show

channel少的话,r-base种类少

conda search r-base

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选择一款适合的版本

conda install r-base=4.1.2
which -a R

将自己刚才安装的R绝对路径添加到.bashrc中的环境变量中$PATH,也可以加alias。

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OK, 现在R的环境已经安装好了。

三、安装R包

1. 镜像设置

进入R

options()$repos      #查看现有镜像

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OK,没有任何镜像

file.edit(file.path("~",".Rprofile"))  #打开一个文件

在文件中写入下面的内容       #多写几个镜像

options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.pku.edu.cn/CRAN/","The Comprehensive R Archive Network","http://mirrors.aliyun.com/CRAN"))
print("已设置北大阿里云镜像")

写完后,退出,重新进入R

options()$repos      #查看现有镜像

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2. 安装BiocManager ##官网Bioconductor - Install

R4.1.2对应的BiocManager版本是3.14

在R中输入

if (!require("BiocManager",quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version ="3.14")

3. 安装R包

方法一:>install.packages("package_name")

方法二:

> library(BiocManager)

> BiocManager::install("ggplot2")

OK,此时你可以安装自己想要的R包了。

#附些常见的命令,查看已安装的R包“library()”。加载包“library(packagename)”。查看已加载的包“(.packages())”。取消已加载的包“detach("package: packagename")”。(参考知乎-阿辉的科研)文章来源地址https://www.toymoban.com/news/detail-788693.html

到了这里,关于如何在linux系统中用conda安装R环境及R包的文章就介绍完了。如果您还想了解更多内容,请在右上角搜索TOY模板网以前的文章或继续浏览下面的相关文章,希望大家以后多多支持TOY模板网!

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