使用AlphaFold2进行蛋白质结构预测

这篇具有很好参考价值的文章主要介绍了使用AlphaFold2进行蛋白质结构预测。希望对大家有所帮助。如果存在错误或未考虑完全的地方,请大家不吝赐教,您也可以点击"举报违法"按钮提交疑问。

前言

AlphaFold 2,是DeepMind公司的一个人工智能程序。2020年11月30日,该人工智能程序在蛋白质结构预测大赛CASP 14中,对大部分蛋白质结构的预测与真实结构只差一个原子的宽度,达到了人类利用冷冻电子显微镜等复杂仪器观察预测的水平,这是蛋白质结构预测史无前例的巨大进步。这一重大成果虽然没有引起媒体和广大民众的关注,但生物领域的科学家反应强烈。

目前,AlphaFold2的源代码已经在GitHub上公开,而且现在科学家正在利用AlphaFold2对已有的蛋白数据库进行高通量的预测,建立了一些模式生物物种所有蛋白的AlphaFold2预测结构数据库(https://alphafold.ebi.ac.uk/)。

可以看到,虽然利用AlphaFold2预测了这么多生物的数据库,但是并未覆盖所有的蛋白序列数据库,所以只有搭建本地的AlphaFold2服务,你才能用AlphaFold2随心所欲的预测自己研究蛋白的结构。

接下来将给大家介绍AlphaFold2的使用方法,在北鲲云上免安装使用。对于没有Linux基础或本地硬件配置不足的人,仅需1分钟即可成功提交蛋白质结构预测任务,能够省去很多麻烦。

二、在北鲲云使用AlphaFold2进行蛋白质结构预测

  1. 选择AlphaFold2

在“应用中心”搜索AlphaFold2软件并选中,在右侧弹出的软件详情栏中点击“提交作业”。

img文章来源地址https://www.toymoban.com/news/detail-790468.html

  1. 选择可视化模板提交

推荐选择可视化“模板提交”的方式提交作业,平台已为AlphaFold2内置了几个可视化模板,按要求填写相应参数即可提交预测任务。

img

  1. 填写模板参数,选择硬件配置

到了这里,关于使用AlphaFold2进行蛋白质结构预测的文章就介绍完了。如果您还想了解更多内容,请在右上角搜索TOY模板网以前的文章或继续浏览下面的相关文章,希望大家以后多多支持TOY模板网!

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