R语言【paleobioDB】——pbdb_subtaxa():统计指定类群下的子类群数量

这篇具有很好参考价值的文章主要介绍了R语言【paleobioDB】——pbdb_subtaxa():统计指定类群下的子类群数量。希望对大家有所帮助。如果存在错误或未考虑完全的地方,请大家不吝赐教,您也可以点击"举报违法"按钮提交疑问。

Package paleobioDB version 0.7.0

paleobioDB 包在2020年已经停止更新,该包依赖PBDB v1 API。

可以选择在Index of /src/contrib/Archive/paleobioDB (r-project.org)下载安装包后,执行本地安装。


Usage

pbdb_subtaxa (data, do.plot, col)

Arguments

参数【data】:输入的数据,数据帧格式。可以通过 pbdb_occurrences() 函数获得数据。

参数【do.plot】TRUE/FALSE。默认为 TRUE

参数【col】:改变图中柱子的颜色。默认为 skyblue2


Value

返回一张图和一个数据帧,展示了数据中的子类群数量。


Example

library(paleobioDB)
library(RCurl)

options(RCurlOptions = list(cainfo = system.file("CurlSSL", "cacert.pem", package = "RCurl")))

canidae_quat<-  pbdb_occurrences (limit="all", 
base_name="Canidae",  interval="Quaternary", 
show=c("coords", "phylo", "ident"))

pbdb_subtaxa (canidae_quat)
  species genera families orders classes phyla
1       0     29        1      1       1     1

R语言【paleobioDB】——pbdb_subtaxa():统计指定类群下的子类群数量,paleobioDB,r语言,开发语言文章来源地址https://www.toymoban.com/news/detail-798174.html


Page

function (data, do.plot = TRUE, col = "#0000FF") 
{
    species <- nrow(pbdb_temp_range(data = data, rank = "species", 
        do.plot = FALSE))
    genera <- nrow(pbdb_temp_range(data = data, rank = "genus", 
        do.plot = FALSE))
    families <- nrow(pbdb_temp_range(data = data, rank = "family", 
        do.plot = FALSE))
    orders <- nrow(pbdb_temp_range(data = data, rank = "order", 
        do.plot = FALSE))
    classes <- nrow(pbdb_temp_range(data = data, rank = "class", 
        do.plot = FALSE))
    phyla <- nrow(pbdb_temp_range(data = data, rank = "phylum", 
        do.plot = FALSE))
    subtaxa <- data.frame(species, genera, families, orders, 
        classes, phyla)
    if (do.plot == TRUE) {
        par(mar = c(8, 4, 2, 0))
        barplot(unlist(subtaxa), beside = T, horiz = F, col = col, 
            border = F, las = 2, ylab = "Number of taxa")
    }
    return(subtaxa)
}

到了这里,关于R语言【paleobioDB】——pbdb_subtaxa():统计指定类群下的子类群数量的文章就介绍完了。如果您还想了解更多内容,请在右上角搜索TOY模板网以前的文章或继续浏览下面的相关文章,希望大家以后多多支持TOY模板网!

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处: 如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请点击违法举报进行投诉反馈,一经查实,立即删除!

领支付宝红包 赞助服务器费用

相关文章

觉得文章有用就打赏一下文章作者

支付宝扫一扫打赏

博客赞助

微信扫一扫打赏

请作者喝杯咖啡吧~博客赞助

支付宝扫一扫领取红包,优惠每天领

二维码1

领取红包

二维码2

领红包