R包-探索ggtree进化树美化
提示：基于nwk文件进行进化树美化，如更换进化树格式，添加分组、节点、遗传距离等
分析流程
1. 关于包的下载
官网ggtree.html
2. 绘制一个基本的进化树图
#下载软件包
BiocManager::install("ggtree")
# 创建模拟数据
library(ggtree)
set.seed(2017-02-16)
tree <- rtree(50)
ggtree(tree)
3. 添加样本名称
ggtree(tree, branch.length = "none", layout = "circular") +
geom_tiplab()
#branch.length = "none"，表示标签对齐；
#layout，设置树型；
#geom_tiplab() 显示分支名称样本名称
3. 添加节点+节点高亮
library(ggtree)
set.seed(2017-02-16)
tree <- rtree(50)
ggtree(tree, branch.length = "none", layout = "circular") +
geom_tiplab2(size = 5, color = "seagreen") + # 样本名称字体大小、颜色
geom_text2(aes(label=node), size = 3, color = "red") + #加节点
geom_hilight(node = 59, fill = "orange", alpha = 0.5) #节点高亮
4. 添加分组
#参数
library(ggtree)
set.seed(1234)
tr=rtree(50)
geom_strip = function(...) geom_cladelabel(label="", barsize=5, align=T, offset=.5, ...)
ggtree(tr) + geom_strip(58, color='red') + geom_strip(84, color='green') + geom_strip(52, color='blue')
#测试
library(ggtree)
set.seed(2017-02-16)
tree <- rtree(50)
ggtree(tree, branch.length = "none", layout = "circular") +
geom_tiplab2(size = 3, color = "seagreen") + # 样本名称字体大小、颜色
geom_text2(aes(label=node), size = 2, color = "red") + #加节点
geom_hilight(node = 59, fill = "orange", alpha = 0.5) + #节点高亮 node = 59 节点名称
geom_strip(59, color = "steelblue",
hjust = "center",
angle = 30,
extend = 0.2)
# 其中，geom_tiplab2设置分支名称的标签；
# geom_text2显示节点名称；geom_hilight 节点高亮；
# geom_strip对分组进行标注。
小结
基于该包，设置好参数，可以批量优化，比在线网站方便的多，但绘制无根树，一直报错，待探索完分享大家文章来源：https://www.toymoban.com/news/detail-838461.html
参考来源
1. 详细说明及示例数据参考：4 Phylogenetic Tree Visualization
2. 参考使用Y叔神包ggtree进行基因家族基因进化树构建
3. 使用R包ggtree进行进化树的绘制与美化文章来源地址https://www.toymoban.com/news/detail-838461.html
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