在Linux服务器上部署中医知识图谱-Toy模板网

这篇具有很好参考价值的文章主要介绍了在Linux服务器上部署中医知识图谱。希望对大家有所帮助。如果存在错误或未考虑完全的地方，请大家不吝赐教，您也可以点击"举报违法"按钮提交疑问。

在Linux服务器上部署中医知识图谱

配置Java环境

在Oracle官网或Open JDK官网下载JDK 17安装包，选择与操作系统及系统架构（32位或64位）相匹配的版本，此处使用Ubuntu系统进行演示。

使用以下命令解压JDK安装包：

tar -xvf jdk-17_linux-x64_bin.tar.gz

这将在当前目录下创建一个名为jdk-17的目录，并将JDK文件提取到其中。

使用以下命令编辑环境变量：

export JAVA_HOME=/yldm0226/KG/jdk-17
export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH

注意将JAVA_HOME替换为你解压JDK的实际路径。

使用以下命令刷新环境变量，使环境变量生效：

source ~/.bashrc

验证是否安装成功：

java -version

如果安装成功，可以看到类似下面的输出：

openjdk version "17" 2021-09-14
OpenJDK Runtime Environment (build 17+35-2724)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 17+35-2724, mixed mode, sharing)

配置neo4j数据库

在neo4j官网下载neo4j社区版的安装包，选择与操作系统及系统架构（32位或64位）相匹配的版本，此处使用Ubuntu系统进行演示。

使用以下命令解压neo4j安装包：

tar -xvf neo4j-community-5.17.0-unix.tar.gz

使用以下命令编辑环境变量：

export NEO4J_HOME=/yldm0226/KG/neo4j-community-5.17.0
export PATH=$NEO4J_HOME/bin:$PATH

使用以下命令刷新环境变量，使环境变量生效：

source ~/.bashrc

如果想在命令行中运行neo4j，执行以下命令：

neo4j console

如果想在后台运行neo4j，执行以下命令：

neo4j start

启动成功后，可以看到以下输出：

Directories in use:
home:         /yldm0226/KG/neo4j-community-5.17.0
config:       /yldm0226/KG/neo4j-community-5.17.0/conf
logs:         /yldm0226/KG/neo4j-community-5.17.0/logs
plugins:      /yldm0226/KG/neo4j-community-5.17.0/plugins
import:       /yldm0226/KG/neo4j-community-5.17.0/import
data:         /yldm0226/KG/neo4j-community-5.17.0/data
certificates: /yldm0226/KG/neo4j-community-5.17.0/certificates
licenses:     /yldm0226/KG/neo4j-community-5.17.0/licenses
run:          /yldm0226/KG/neo4j-community-5.17.0/run
Starting Neo4j.
Started neo4j (pid:12498). It is available at http://localhost:7474
There may be a short delay until the server is ready.

访问知识图谱

如果服务器有图形化界面，可以直接在浏览器中访问http://localhost:7474。

如果服务器没有图形化界面，需要借助ssh端口映射实现本地访问服务器上部署的知识图谱。

以Windows11系统为例，打开两个CMD窗口，分别输入以下命令：

ssh -L 7474:localhost:7474 -p ssh端口 用户名@ip

ssh -L 7687:localhost:7687 -p ssh端口 用户名@ip

将ssh端口、用户名和ip替换为自己的。

以上两行命令将本地的7474端口和7687端口映射到了远程服务器的7474端口和7687端口，这样就可以本地访问服务器上部署的知识图谱了。

在本地浏览器中访问http://localhost:7474，可以看到neo4j的Web页面：

在Linux服务器上部署中医知识图谱

在第一次访问http://localhost:7474时，默认的用户名和密码均为neo4j，在登录成功后，会要求我们修改一个密码，请记好这个密码，后面还要用到。

创建知识图谱

拉取开源中医知识图谱项目：

git clone https://github.com/ywjawmw/TCM_KG

安装py2neo：

pip install py2neo

打开中医知识图谱项目中的Create_Graph.py，对代码做简单的修改并将连接数据库中的认证信息改为自己，代码如下：

from py2neo import Graph, Node, Relationship, NodeMatcher, RelationshipMatcher
from tqdm import tqdm

# 连接数据库
graph = Graph("http://localhost:7474", auth=("neo4j", "你设置的neo4j的密码"),name="neo4j")

matcher_node = NodeMatcher(graph)
matcher_relation = RelationshipMatcher(graph)

with open("baseline_all_kg_triples.txt", "r", encoding="utf-8") as file:
    for line in tqdm(file.readlines()):
        entity_1, entity_2, relation = line.split("\t")
        node_1 = matcher_node.match(name=entity_1).first()
        if node_1 is None:
            node_1 = Node(name=entity_1)
            graph.create(node_1)

        node_2 = matcher_node.match(name=entity_2).first()
        if node_2 is None:
            node_2 = Node(relation, name=entity_2)
            graph.create(node_2)
        if not node_2.has_label(relation):
            node_2.add_label(relation)
            graph.push(node_2)

        r = Relationship(node_1, relation, node_2)
        graph.create(r)

运行以上代码，就可以完成知识图谱的构建。

回到http://localhost:7474中，点击Database，就可以看到我们构建的知识图谱的节点和节点之间的关系类型：

在Linux服务器上部署中医知识图谱