在使用 Snakemake 和 SLURM 运行并行计算作业时,理解节点数、进程数、线程数和任务数之间的关系是很重要的。这些参数决定了作业如何在集群上分配和执行。下面是这些参数的基本解释和它们如何相互作用:
-
节点数 (
-N
): 指定作业需要使用的物理服务器(节点)数量。每个节点可以有多个CPU和大量的内存。 -
进程数 (
-n
): 指定作业总共需要多少个独立的进程。这些进程可以分布在请求的所有节点上。 -
线程数 (
-c
): 对于每个进程,可以指定它可以使用的线程(或CPU核心)数量。线程是进程内的执行单位,可以共享进程的内存。 -
任务数 (
-j
in Snakemake): 在 Snakemake 中,-j
或--jobs
参数指定同时运行的最大任务数。这通常受到-n
或-c
参数的影响,因为每个任务可能需要一个或多个进程或线程。文章来源:https://www.toymoban.com/news/detail-857561.html
实用例子:
例子 1:基础使用
假设集群中每个节点有16个CPU核心:文章来源地址https://www.toymoban.com/news/detail-857561.html
#!/bin/bash
#SBATCH -J simple_job
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到了这里,关于snakemake运行时,节点数, 进程数,线程数,任务数之间的关系,实例说明的文章就介绍完了。如果您还想了解更多内容,请在右上角搜索TOY模板网以前的文章或继续浏览下面的相关文章,希望大家以后多多支持TOY模板网!