snakemake运行时,节点数, 进程数,线程数,任务数之间的关系,实例说明

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在使用 Snakemake 和 SLURM 运行并行计算作业时,理解节点数、进程数、线程数和任务数之间的关系是很重要的。这些参数决定了作业如何在集群上分配和执行。下面是这些参数的基本解释和它们如何相互作用:

  1. 节点数 (-N): 指定作业需要使用的物理服务器(节点)数量。每个节点可以有多个CPU和大量的内存。

  2. 进程数 (-n): 指定作业总共需要多少个独立的进程。这些进程可以分布在请求的所有节点上。

  3. 线程数 (-c): 对于每个进程,可以指定它可以使用的线程(或CPU核心)数量。线程是进程内的执行单位,可以共享进程的内存。

  4. 任务数 (-j in Snakemake): 在 Snakemake 中,-j--jobs 参数指定同时运行的最大任务数。这通常受到 -n-c 参数的影响,因为每个任务可能需要一个或多个进程或线程。

实用例子:

例子 1:基础使用

假设集群中每个节点有16个CPU核心:文章来源地址https://www.toymoban.com/news/detail-857561.html

#!/bin/bash
#SBATCH -J simple_job
#

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