ZDOCK linux 下载（无需安装）、配置、使用-Toy模板网

这篇具有很好参考价值的文章主要介绍了ZDOCK linux 下载（无需安装）、配置、使用。希望对大家有所帮助。如果存在错误或未考虑完全的地方，请大家不吝赐教，您也可以点击"举报违法"按钮提交疑问。

1. 下载

1）教育邮箱提交申请，会收到下载密码

https://zdock.wenglab.org/software/

2）选择相应的版本

ZDOCK linux 下载（无需安装）、配置、使用,科研/开发工具,linux

3）解压

不用安装，解压即可使用：tar -xvf zdock3.0.2_linux_mpi.tar.gz

2. 使用方法

Step 1：将pdb文件处理为ZDOCK可接受格式

1）命令：
./mark_sur receptor.pdb receptor_m.pdb
./mark_sur ligand.pdb ligand_m.pdb
2）注意：这一步骤会报错：error while loading shared libraries: libg2c.so.0: cannot open shared object file: No such file or…
https://blog.csdn.net/weixin_39417324/article/details/110388400 提供了解决办法，但是本人无法从博客中提到的下载链接中下载相应的文件，因此重新整理以下解决方法。
2-1）下载 libg2c.so.0
从 https://archives.fedoraproject.org/pub/archive/fedora/linux/core/updates/3/i386/libf2c-3.4.4-2.fc3.i386.rpm 下载 libf2c-3.4.4-2.fc3.i386.rpm 文件。
2-2）解压下载的rpm文件
命令：rpm2cpio xxx.rpm | cpio -idmv （解压到当前文件夹）
rpm下载：sudo apt install rpm
2-3）移动文件到指定位置
在解压后的文件夹中找到 libg2c.so.0 和 libg2c.so.0.0.0 两个文件
执行：sudo mv libg2c.* /usr/lib

Step 2：Docking

1）命令：mpiexec -n 4 zdock -R receptor_m.pdb -L ligand_m.pdb -o zdock.out
2）mpiexec命令会报错，需要安装的包：OpenMPI
安装命令：sudo apt install openmpi-bin libopenmpi-dev
参考博客：https://blog.csdn.net/qq_43259903/article/details/131791352
3）安装完OpenMPI仍然报错：
zdock: error while loading shared libraries: libmpi.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
可能的解决方法1：LD_LIBRARY_PATH 环境变量未配置，请查找相关博客，stackoverflow中有解决办法（本人使用方法1解决无效）
可能的解决方法2：使用 whereis libmpi.so 查找 libmpi.so.0，发现没有这个文件，但是能够找到 libmpi.so。
使用命令：sudo mv PATH/libmpi.so PATH/libmpi.so.0 修改 libmpi.so 文件为 libmpi.so.0。
其他类似错误也可按此方法解决。例如：zdock: error while loading shared libraries: libopen-rte.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory。

Step 3：创建所有预测结构

1）命令：create.pl zdock.out
2）结果：生成2000个结果pdb，complex1.1.pdb是得分最高的。 ZDOCK linux 下载（无需安装）、配置、使用,科研/开发工具,linux 文章来源地址https://www.toymoban.com/news/detail-858453.html